En el continente de Patria encontramos la nación democrática de Patria. Debido a disputas económicas, el país ahora está dividido en la Unión de Patria al norte y la Confederación de Patria al sur, dos bandos enzarzados en una ya demasiado larga guerra civil. Cuando el norte comienza a perder tropas y a verse en desventaja su solución es utilizar tecnología prohibida para acabar de una vez por todas con el sur. Esta tecnología convierte a los humanos en una especie de soldados-monstruos que les otorga poderes casi divinos… y con esos poderes, la guerra llegó a su fin.

Los chicos sueñan con poder volar algún día por el infinito cielo, aunque son dolorosamente conscientes de cuán lejos está el cielo más allá del cristal que les impide salir volando. En un futuro distante la humanidad ha creado Plantation, una ciudad fortaleza móvil construida sobre las ruinas del mundo y en la que ha florecido la civilización. En la ciudad hay barracones especiales para pilotos llamados Mistilteinn, aunque popularmente se los conoce como "jaulas de pájaros". Allí es donde viven estos chicos... sin saber nada del mundo exterior, sin poder sentir nunca el enorme cielo. Su única misión en la vida siempre fue luchar. Sus enemigos son los misteriosos organismos gigantes conocidos como Kyoryu, a los cuales enfrentan con los robots llamados FRANXX. No saben hacer otra cosa y no se lo plantean, pues creen que este es su propósito único en la vida. entre ellos está un niño al que en su día consideraron un niño prodigio: Código 016, Hiro. Sin embargo, ahora es un fracaso y se lo considera innecesario. Quienes no pueden pilotar un FRANXX es como si no existieran. Un día aparece ante Hiro una chica llamada Zero Two y de su cabeza surgen dos cuernos. "Te encontré, cariño mío"

En cierta esquina de cierto parque de cierta zona de Ueno, Tokio, existe una base secreta de la “organización de la justicia” bautizada como “Colors”. El grupo está formado por tres chicas que patrullan el parque día y noche (bueno, realmente hasta que anochece) para proteger la paz.

En un continente gobernado por un caos que trae el desastre, los grandes señores tienen el poder del “Emblema”, un sello sagrado que puede apaciguar el caos y proteger a su pueblo. Sin embargo, antes de que nadie se de cuenta, los gobernantes abandonan su misión de purificar el caos para empezar a luchar entre ellos con el objetivo de hacerse con los demás Emblemas. Nuestra protagonista es Siluca, una maga que se burla de los gobernantes por abandonar su misión, y un caballero errante llamado Theo, que viaja para entrenarse y liberar de la tiranía a su pueblo. Siluca y Theo realizan un pacto por el que deben viajar juntos para reformar el continente.

El anime sigue la vida diaria de una seria, esforzada chica de oficina llamada Kaoru y su esposo otaku, Hajime, que está totalmente inmerso en un gigantesco sistema de anuncios en la internet.

La historia sigue a un muchacho de instituto llamado Akihito Kanbara que aunque parece normal, es un medio yomu, lo que le hace invulnerable a las heridas debido a que se cura muy rápido. Un día Akihito conoce a una novata llamada Mirai Kuriyama cuando esta parece que está a punto de saltar de la azotea del instituto. Mirai se siente sola por su habilidad para manipular la sangre, algo único incluso entre aquellos con poderes sobrenaturales. Tras impedir Akihito que Mirai salte, comienzan a ocurrir extraños eventos.

En la era de la Guerra Civil, en la que se sucedían incontrolables batallas, los soldados que mejor dominaban las armas eran llamados "Senshi". Y había una chica que sobresalía sobre los demás. Su nombre era Tendo Rushuna. Era rubia, tenía una figura ideal y le gustaba tomar baños. Era una Senshi, de las mejores disparando. Continuaba su viaje con su compañero samurái, Kojima Yajiro. Rushuna solía usar sólo un viejo revólver, y con él batía a delincuentes y senshis que usaban metralletas y rifles. A través del silbido de las balas, de las nubes de pólvora, de los cartuchos, las balas de Rushuna se perdían en la oscuridad de los días turbulentos. Las batallas sin tregua de katanas y pistolas han comenzado.

Otaru Namiya es uno de los protagonistas, el cual en el transcurso del tiempo va encontrando las marionetas especiales que tienen lo que son considerados circuitos vírgenes, o una versión cibernético de corazones, que les permite descubrir y experimentar los sentimientos humanos. Lima, Cereza y Zarzamora, son los nombres de estas tres marionetas, las cuales hacen hasta lo imposible por cuidar y complacer a Otaru y velar por el bien del mundo y la única mujer humana que queda en este, Lorelei.