Tras perder a sus padres, el exorcista Keika You se ve sumido en la pobreza, teniendo que sobrevivir como adivino ambulante y recogiendo piezas de ordenador. Y es tan mísera su suerte que se ve envuelto en un accidente de tráfico y acaba convirtiéndose en un fantasma. Será entonces cuando se encuentre con el también exorcista Ki Tanmoku, quien le propondrá luchar juntos contra los espíritus malignos.

La historia nos traslada a Midorijima, una próspera isla en el suroeste del archipiélago japonés donde la humanidad y la naturaleza una vez coexistieron. Sin embargo, tras pasar a manos de la Compañía Toue, una poderosa corporación japonesa, una tercera parte de la isla se ha convertido en “Platinum Jail”, unas extravagantes instalaciones de ocio. Equipada con la última tecnología, la popularidad de Platinum Jail ha ascendido muy rápido. Por otro lado, los isleños que se han visto convertidos en víctimas de este forzado desarrollo, se ven obligados a vivir en el “Distrito para antiguos residentes”, un lugar que es de todo menos próspero. El protagonista, Aoba Seragaki, pasa sus días trabajando en una tienda de chatarra llamada “Heibon” dentro del distrito, viviendo con su abuela Tae. Entre los jóvenes del Distrito se ha hecho popular un juego: el “Ribstiez”. En él, se crean equipos y se luchan por territorios. Por otro lado está el “Rhyme”, un juego online con un mundo virtual inmersivo. Aoba no tiene interés en ninguno de los dos juegos y solo quiere vivir tranquilo con su abuela, pero un desastre sacudirá los cimientos de su situación.

Tras la muerte de su madre, Jiantan, un chico de ciudad, debe ir a vivir con su padre, al que apenas recuerda, abandonando la ciudad para vivir con él en las praderas tibetanas. Mientras intenta adaptarse a su nueva vida, Jiatan entabla amistad con otro recién llegado, un perro tibetano de pelo dorado.

Yuki Sakurai es un adolescente con un misterioso poder: cuando toca a las personas, les hace ver hechos trágicos que han vivido. Es incapaz de controlar dicho poder, que va en aumento, llegando al punto en que pierde el control. Un día un tipo misterioso que por alguna razón le resulta familiar le salva la vida. Más tarde aparece un hombre que dice ser su hermano. Y así, el destino de Yuki comienza a correr.

Natsume es un chico que ha tenido una vida difícil desde pequeño, puesto que puede ver espíritus llamados Youkai, un buen día algunos de esos espíritus empiezan a atacarle pidiéndole "El Libro de los Amigos" éste libro, es un diario que le dejó su abuela Reiko que también podía ver los espíritus perfectamente. Ésta fue quien encerró el nombre de muchos de los Youkai, impidiendo así que pudiesen ser libres. Natsume, junto con su amigo y guardaespaldas, decidirá ayudar a los Youkai y liberarlos devolviéndoles su nombre.

Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.