La historia comienza en una ciudad llamada Romdo en la cual habitan humanos y unos robots denominados ?Autoraves?, pero luego ocurren una serie de asesinatos causados por Autoraves infectados con un virus denominado ?Cogito?, el cual dota de emociones a los robots. ?Vincent? un inmigrante encargado de eliminar autoraves infectados se ve involucrado con uno llamado ?PINO? la cual es acusada de causar la infección en la ciudad. Mediante las investigaciones ?Lil Mayer? llega a Vincent del cual se desconoce su pasado, mientras tanto Vincent y pino son expulsados de romdo , Lil comienza a dudar sobre las leyes de la ciudad y decide ir a buscarlo lo que la lleva a comenzar un viaje lleno de secretos y situaciones inesperadas junto a Vincent y pino por el mundo en busca del pasado de Vincent, donde descubrirán a un mundo debastado pero con vida y a unos humanoides denominados Proxys que pueden ser la salvación del mundo.
Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.
En el año 2075 la humanidad ha alcanzado un punto donde viajar entre la Tierra, la Luna y las estaciones espaciales en parte de la vida diaria. Sin embargo, el progreso de la tecnología en el espacio ha resultado también un problema con los residuos espaciales, que pueden causar grandes daños a las naves y a los equipos. Esta es la historia de la Sección de Recogida de Residuos de Technora, su especialista en trabajos EVA (Extra Vehicular Activity), Hachirota “Hachimaki” Hocino, y la recién llegada al grupo, Ai Tanabe.
Himura Kenshin intenta llevar una vida tranquila junto a Kaoru y así olvidar su pasado como el legendario Battosai, pero un nuevo peligro se cierne sobre ellos y sobre todo el gobierno de Japón: Makoto Shishio , un despiadado y sanguinario asesino, que busca venganza contra aquellos que le traicionaron y convirtieron en un monstruo desfigurado mediante un elaborado plan que convertirá la capital Kyoto en un infierno de fuego y llevará la historia de Kenshin a una batalla final de pura leyenda.
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