La historia comienza cuando la reservada Shizuka asiste a una fiesta mixta local, pero tiene problemas para adaptarse a la atmósfera. Una hermosa estudiante universitaria llamada Ryou empieza a hablar con ella, y se caen bien. Shizuka va a pasar la noche en casa de Ryou. Sin embargo, Ryou besa inesperadamente a Shizuka. Shizuka piensa que la bella mujer es lesbiana, pero pronto descubre que Ryou es en realidad un hombre vestido de mujer.

Mil años después de los hechos sucedidos en la serie original vemos una nueva versión de la ciudad Domino ahora llamada Neo Domino City, ahora vemos a un nuevo tipo de duelos los Riding Duels que son duelos a altas velocidades sobre motos llamadas D-Wheels, pero sin dejar atras los emocionantes torneos vemos a un nuevo protagonista intentando llegar a Neo Domino City para encontrar su destino.