La película tiene lugar tras los hechos acontecidos en la segunda temporada animada. Kirito, Asuna y sus amigos empiezan a jugar a un nuevo juego conocido como OS (Ordinal Scale) que, a diferencia de los juegos anteriores, utiliza un sistema de realidad aumentada llamado Augma. En este juego, los jugadores se clasifican de acuerdo a sus rangos por lo que los jugadores con rangos inferiores tienen grandes desventajas. Sin embargo, Kirito y sus amigos descubren que algo va mal cuando se encuentran con monstruos de Aincrad.

En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.

La historia comienza con Jonathan Joestar, que vive con su padre George en Inglaterra con un nivel económico alto. Otro chico Dio Brando es adoptado por ellos dos ya que George creía que su padre Dario Brando les había salvado la vida. Jonathan trata de ser amigo de Dio, pero el plan de Dio es llevar a JoJo a la locura y ganar la confianza de George para conventirse en el heredero de la fortuna Joestar. Para lograrlo Dio golpea a Jonathan, besa a su novia Erina y quema a su perro Danny, y al mismo tiempo se gana la confianza de George con sus buenos modales, pero eso es solo el comienzo todo se complica cuando DIO se cruza con la "mascara del demonio" y su odio por jojo deja de ser un asunto de dinero. La Historia sigue con todos los susesores de Jonathan Joestar(JoJo), hijos, nietos que comparten sus ideales

Kensou Tenma, un reconocido medico cirujano de origen japonés que vive en Alemania está apunto de experimentar una historia que le cambiará la vida : en el año 1986 en Dusseldorf mientras se preparaba para operar a una personalidad que llegaba en estado crítico, una pareja de niños también llegaba al hospital; la niña se encontraba en estado de shock y el niño estaba grave con una herida de bala en la cabeza. Debatiéndose entre lo más ético y en la moral, Tenma accede a operar al niño yendo en contra de sus superiores lo que le acarrearía problemas ya que con la muerte del paciente anterior, los directivos del hospital se encargaran de arruinar su reputacion...

Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric tratan de revivirla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia opera bajo la teoría del cambio equivalente y romper el tabú de la alquimia humana acarrea un alto precio. Ed pierde una de sus piernas y Al su cuerpo. Ed logra sellar el alma de Al dentro de una gran armadura, a costa de su brazo. Años después, Ed (ahora con dos extremidades mecánicas) y Al (aún atrapado en la armadura) dejan su casa de la niñez, cada uno preocupado por la felicidad del otro. Ed, quien tuvo un talento y habilidad natural para la alquimia, se convierte en un alquimista con certificado nacional y pronto es conocido en todas partes como el ?Alquimista Fullmetal?. El verdadero objetivo de ambos hermanos es buscar cualquier información sobre la legendaria Piedra Filosofal, con la esperanza de que ésta les permita recobrar sus cuerpos. Todas sus esperanzas descansan en la mítica piedra, que incluso puede no existir.

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.