La historia gira en torno a las habilidades especiales que un pequeño porcentaje de chicos y chicas en la pubertad desarrollan. Yu Otosaka usa su poder sin que nadie lo sepa y lleva una vida bastante normal, con una vida estudiantil común. Ante él aparece un día una chica llamada Nao Tomori. Debido a su encuentro con ella, el destino de aquellos con poderes especiales quedará al descubierto. Esta es la historia de cómo aquellos con poderes especiales experimentan la juventud.

Cuando era un niño, Murakami estaba enamorado de una chica que llamó Kuroneko. Ella insistió en saber acerca de los extraterrestres y que se reunió con ellos, pero nadie le creyó, incluso el joven Murakami se mostró escéptico. Un día, ella decide mostrarle a los extraterrestres, hasta que se produce un accidente y muere mientras Kuroneko Murakami se queda gravemente herido en el hospital. Pasan los años y Murakami se obsesiona en la búsqueda de pruebas de la existencia de los extraterrestres debido a una promesa que había hecho con Kuroneko. Entonces, un día, una nueva estudiante llega a su clase, que se parece mucho a Kuroneko, pero su nombre es Kuroha Neko!

La historia de "Steins;Gate" toma lugar en Akihabara y trata acerca de un grupo de amigos que modificaron su microondas conviertiendolo en un dispositivo que puede mandar mensajes de texto al pasado. Mientras realizan diversos experimentos, una organizacion llamada SERN, que ha estado realizando su propia investigacion sobre viajes en el tiempo, los localiza y ahora los personajes deben buscar una manera de evitar ser capturados por ellos.

Mientras vuelve a casa, Shuzo avista a una persona en lo alto de una chimenea en la zona industrial donde antes solía jugar. El joven prueba a comunicarse con la chica en cuestión, Lala Ru, pero ésta se muestra silenciosa y poco expresiva. De pronto se produce una explosión y se detiene el tiempo: unos asaltantes aparecen de la nada y pretenden llevarse a su nueva amiga, así que Shu hace todo lo posible por detenerlos. Al final, acaba transportado a otro mundo intentando defender a Lala Ru. Este nuevo planeta que se extiende ante él es un páramo hostil que no perdona a nadie, y allí tendrá que sobrevivir a las órdenes del infame dictador Hamdo. Poco espera el joven Shu que su periplo en el nuevo mundo será la lección más dura que jamás tenga que aprender en su vida. Pasado el primer episodio de introducción, nos encontramos con una sucesión de temas muy serios ligados con la guerra, que van desde la violencia hasta la explotación infantil, las violaciones o el genocidio, y las consecuencias que tienen estos hechos en las personas que los sufren.