Hace mucho tiempo, toda la humanidad vivió una vez en el mar. Sin embargo, el mundo es ahora el hogar de dos tipos de personas: los que optaron por abandonar el mar, deshaciéndose de la ropa especial brindada por el Dios del mar, y aquellos que optaron por quedarse. Los pensamientos entre las personas del mar y las personas de la tierra se volvieron tan distantes como los sitios en donde vivían, y deteriorados por el incontable paso del tiempo, olvidaron que alguna vez fueron el mismo pueblo. Una historia entre el mar y la tierra. Manaka Mukaido y Hikari Sakishima, residentes del mar, son amigos desde su infancia, quienes junto a sus amigos Chisaki Hiradaira y Kaname Isaki, decidirán asistir a una escuela en la tierra debido a problemas en su escuela del mar. Pero un encuentro especial, y una serie de acontecimientos, darán un giro en sus vidas.

La mafía americana, una de las más poderosas del mundo ceden ante el temor de una organización llamada INFERNO, no por su poder económico ni tampoco por su influencia mundial, sino por sus creaciones,asesinos a sangre fría y con habilidades sobre-humanas. Agatsuma Reiji llega a America para encontrarse con un familiar y presencia un asesinato brutal donde él es el único testigo de ese hecho. Más tarde es capturado por una de las más hábiles asesinas de la organización INFERNO, Phantom. Poco después es llevado a los laboratorios de INFERNO y es víctima de un lavado de cerebro.Al despertar,no recuerda nada,sin embargo,se da cuenta que posee ciertas "habilidades"...

Un territorio inescrutable e inexplorado conocido como Hell's Gate (La Puerta del Infierno), hizo aparición de pronto en el pasado, privando a Tokyo de su cielo original. Como consecuencia, aparecieron también personas con habilidades especiales, los Dolls (Marionetas) y los Contratistas. Las Marionetas son mediums carentes de emoción, mientras que los Contratistas poseen ciertos poderes especiales, y parecen tener como principal finalidad la de matar. Las agencias de inteligencia de todo el mundo utilizan Contratistas para encubrir secretos relacionados con la Hell's Gate, y llevan a cabo violentas batallas por la posesión de información al respecto.

Cada 10 años se lleva acabo un ritual, una guerra entre 7 magos escogidos por una fuerza omnipotente, cuyo objetivo es invocar el "Santo Grial" y que este le conceda al vencedor un unico deseo que sera realizado sin importar lo que se pida. Para luchar los magos seran provistos de un Sirviente (Servant) que es un Espiritu Heroico (Espiritus que en vida fueron grandes Heroes) invocado unicamentre gracias al poder del Santo Grial. Shiro Emiya fue salvado de un inmenso incendio 10 años atras por un mago llamado Kiritsugi Emiya, posee muy poco talento para la magia pero se ve involucrado en la nueva guerra y su servant es invocado de manera poco convencional, confundido, decide participar de la lucha con la determiancion de detener esta locura como de lugar, su servant es abrumadora, elegante y muy noble, se enamora inevitablemente, durante las luchas el determinara el destino de esta especial mujer.