La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami
Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista
internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma
de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les
agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes.
Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿se
quedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán ir
al hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la Academia
Mihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.
Apenas un año después de su llegada a Mihama, Yuuji toma la inesperada decisión de
conseguir ascenso dentro del CIRS. La acción se reanuda con Yuuji en una reunión con JB
en los “CG corporativos”, discutiendo acerca de los documentos que él envió para revisión
como parte del proceso de ascenso. Dichos documentos contienen el propio pasado de
Yuuji. Mientras tanto, en el dormitorio, las chicas involuntariamente siguen a Sachi y a
Makina que encontraron los borradores de dichos documentos.
La ironía, por supuesto, es que prominentes figuras del pasado de Yuuji pueden seguir
ejerciendo su influencia incluso en el presente…
La Academia Mihama, en la superficie, es un cerrado ambiente de aprendizaje establecido para nutrir a estudiantes que se encuentran en conflicto con el mundo que los rodea; en la actualidad, es una “huerta” y prisión construida para preservar el fruto que ha caído lejos de su árbol.
Sea cuáles sean las circunstancias detrás de su establecimiento, la Academia Mihama es el actual hogar para cinco estudiantes femeninas, todas con sus propias razones para su matrícula. Para bien o para mal, cada chica ha desarrollado una rutina predeterminada por su situación; la vida se mueve lentamente, pero a un apropiado ritmo dentro de las paredes de Mihama.
Con la llegada del primer estudiante varón a la academia, el casi absurdamente inexpresivo Kazami Yuuji, las estudiantes de Mihama comienzan a perder el ritmo de sus rutinas. ¿Probará Yuuji ser el elemento que las chicas necesitaban para hacerse cargo de sus vidas una vez más, o será el peso de sus pasados una pendiente muy empinada para superar?