La historia gira en torno a Haruka Nanase, un muchacho al que siempre le ha gustado estár en el agua y nadar. Antes de graduarse de la escuela primaria, participó en un torneo de natación junto a sus compañeros del club de natación: Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki y Rin Matsuoka. Tras conseguir la victoria, cada uno de los chicos siguió su propio camino. El tiempo ha pasado, y en mitad del instituto, Rin aparece y reta a Haruka a una carrera, demostrando a este lo bueno que es. Haruka no quiere que eso acabe así, así que reúne de nuevo a Makoto y a Nagisa, así como a un nuevo miembro llamado Rei Ryugazaki, para formar el club de natación del Instituto Iwatobi. Haruka, Makoto Nagisa, Rei y Rin vivirán juntos una historia de natación, juventud y amistad.

Honda Toru es una estudiante que después de la muerte de su madre decide vivir sola en una tienda de campaña en el bosque, propiedad de la familia Soma. Una noche es encontrada por Yuki Soma, el "príncipe" de su escuela, este y su primo Shigure le piden que viva con ellos. Dentro de la casa conoce a Kyo, otro integrante de la familia Soma y la terrible maldición que pesa sobre ellos que consiste que al ser abrazados por el sexo opuesto se transforman en animales del zodiaco chino (a excepción de Kyo que es el gato).

Después de la muerte, las almas son llevadas a Meifu, donde serán juzgados según sus acciones por la gente de JuOhCho. Los "Shinigami" son humanos ya muertos que trabajan en pares para dicha asociación, y son los encargados de ir a buscar almas para guiarlas a Meifu. La historia se centra en la asociación Enmacho, donde trabaja Tsuzuki Asato, un adulto con alma de niño, quien no ha podido tener un compañero dentro de la agencia ya que todos lo abandonan, debido a su personalidad infantil y por sentirse culpable al ir a buscar a las personas que tienen la muerte en su destino próximo. Sin embargo, es el shinigami más poderoso. Kurosaki Hisoka es un chico de 16 años que murió a manos del excéntrico doctor Muraki Kazutaka y quién será puesto a trabajar junto al lado de Tsuzuki. Ellos, junto al tacaño Tatsumi y al científico Watari tendrán que trabajar juntos para descubrir qué trama Muraki y por qué está obsesionado con Tsuzuki.