La historia transcurrirá seis años después de los sucesos de Chaos;Head, con la cual tendrá relación. El 6 de noviembre de 2009 en Shibuya ocurrió un terrible terremoto de 7.8 grados en la escala de Richter. Las bajas mortales llegaron a la friolera de 3.851 muertos. En 2015, una nueva historia comienza en Shibuya.

Después de la muerte de sus padres, Akito Himenokouji y su joven hermana gemela Akiko fueron adoptados por familias distintas. Seis años más tarde, que ahora viven por su cuenta, bajo el mismo techo. Akiko no hace ningún esfuerzo para ocultar su complejo de hermano. Ella incluso va tan lejos como tratando de convencer a su hermano para hacer su primera noche juntos una experiencia memorable, fue en vano. Akito calma rechaza muchos avances de su hermana y considera que amar a su hermana de sangre relacionados con el imposible. Sin embargo, Akiko está decidido a demostrar que el amor puede superar cualquier obstáculo.

En un futuro lejano los humanos han abandonado la destruida tierra para mudarse al mundo superior de Tenjo, pero este lugar y la ley de causa y efecto colapsan por lo que obliga a los hombres volver a la tierra que ahora se encuentra inhabitable excepto por el área de Shinshu, donde no caben todos los humanos. Por eso crean Juso Sekai, un duplicado del área en un mundo paralelo. Para poder reconstruir Tenjo, los humanos comienzan la reproducción de la historia desde el 10,000 A.C. Cuando la reproducción llega al 1413 D.C. una guerra comienza en Shinshu y Juso Sekai cae en el mundo original. Los humanos viviendo en Juso Sekai pierden sus tierras e invaden el mundo original. La gente en Shinshu se rinde y la tierra es dividida por invasores de Juso Sekai. Ellos luego tratan de completar la reproducción histórica desde el 1457 D.C. pero la actualización de la historia termina en el 1648 D.C. Un rumor del apocalipsis comienza a expandirse por el mundo.

CLANNAD es un anime que se enfoca en la vida de Okazuki Tomoya, un chico de instituto que cursa el último año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demás chicos de su edad. Un día camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exótica que tiene como costumbre hablar con si misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.

Makoto Itou es un estudiante de secundaria que se ha enamorado de una chica que vió en el tren, su nombre es Kotonoha Katsura. Makoto se sienta en clase al lado de Sekai Saionji, quien se da cuenta de su amor por Kotonoha y decide ayudarle a conquistarla. Sekai consigue unirlos, pero se da cuenta de que a ella también le gustaba Makoto y en la parada del tren, antes de marcharse le besa. La historia trata sobre éste triángulo amoroso y demás historias de los compañeros de clase.

Un chico corriendo al lado del tren... dos amigos de la infancia, una triste despedida. Así comienza la historia de Amaumi Haruhiko un estudiante que va a la academia Shimano en la ciudad del eterno arcoiris, Narasakicho... Una ciudad donde ocurren dos misteriosos fenómenos, Uno es el arco iris sobre la ciudad que nunca desaparece, el otro es un fenómeno mágico llamado gift, un regalo que se puede dar solo una vez entre dos personas que se aman, si es reciproco puede convertirse en algo muy especial.

Naoto Ooizumi es un acomplejado escritor y estudiante de secundaria, que consigue un empleo de camarógrafo en una producción de televisión. Su trabajo consiste en grabar con su cámara de video a las hermosas chicas que protagonizarán una nueva serie de TV, para ver como se desenvuelven y así ayudarlas a protagonizar bien sus papeles. Todo se complica cuando las cinco chicas asisten a la misma escuela que él y al parecer desean algo más que una simple relación de trabajo, lo cual da como resultado las más calientes, excitantes y cómicas situaciones; que Oizumi deberá soportar. Pero Naoto tiene un secreto, que solo comparte con la productora Mitsuki Okuta...

El protagonista de la historia, Jun'Ichi Asakura, que va a la Academia Kazami, tiene el poder de ver los sueños de los demás cuando duerme. Además, aprendió la magia que le enseñó su abuela, que le permite crear dulces. Un día, Jun'Ichi parece haber visto los sueños de otra persona cuando dormía. En ese sueño, una niña de su propia infancia apareció. Pero su hermana Nemu lo despierta, haciéndolo volver de golpe a la realidad. Aunque no son realmente hermanos (ella es adoptada) tienen una vínculo muy fuerte, tanto que a veces da la impresión de que fueran amantes.

Sigue las aventuras de Keitaro Urashima, un estudiante fracasado que ha fallado 2 veces la entrada a la prestigiosa Universidad de Tokyo, y las locuras y amores de las huéspedes de su apartamento en esta divertida y completamente surreal historia de amor, mientras intenta completar una promesa que hizo de entrar a la Universidad de Tokyo a como fuera 15 años atrás.