El inventor genio Null pierde trágicamente a su hermana mayor, Peta, en un accidente. Para superar el dolor, Null desarrolla "Peta Robo", un robot con las mismas características que su difunta hermana. Sin embargo, el robot es un poco diferente en cuanto a lo que Null esperaba.

Cuando Arata Miyako comienza a trabajar en la oficina de Shinjuku él pensaba que iba a hacer un trabajo de funcionario normal y corriente, pero en realidad iba a pasar a formar parte del Departamento de Intercambio de la Comunidad Nocturna, el cual opera en secreto en cada uno de los 23 distritos de Tokio. El trabajo de su nuevo departamento no es otro que resolver casos sobrenaturales relacionados con seres que no son humanos. Acompañado de su superior Kyoichi Sakaki, y por Seo Himetsuka, una obsesa del ocultismo, trabajará noche tras noche enfrentando a seres cuya misma existencia desafía todas las leyes de nuestro mundo.

Un día, una ciudad es completamente aniquilada. Yuki es una mujer joven que, supuestamente, es la única superviviente de dicha ciudad tras la aniquilación. Por su parte, Takuya es un mensajero solitario. Juntos, de la mano de la carta que deja el padre de Yuki, se dirigen hacia la ciudad, ahora conocida como "Lost", y en su camino se enfrentarán a obstáculos inesperados. Los pensamientos sobre aquellos que se perdieron en el pasado, organizaciones secretas y misteriosas, así como conspiraciones, aguardan a Yuki y Takuya a medida que se acercan a descubrir el misterio que se esconde tras "Lost".