Dos años después del ataque del CCG al Anteiku, la ciudad de Tokio cambia drásticamente debido a la influencia del CCG. Además, los ghouls siguen siendo un problema, pues ahora se han vuelto más cautos. Sin embargo, se creará la nueva escuadra experimental Quinx para mantenerlos a raya, un grupo liderado por un mitad ghoul, mitad humano.
Nadeshiko es una estudiante de preparatoria que se ha mudado de Shizuoka a Yamanashi y que decide ir a ver el famoso Monte Fuji que aparece en los billetes de mil yenes. Aunque consigue llegar en bicicleta hasta Motosu, se ve obligada a volver atrás debido al mal tiempo. Habiendo sido incapaz de poder ver con sus propios ojos su objetivo, acaba desmayándose. Cuando despierta ya es de noche y está en un sitio que no reconoce y no sabe cómo regresar a casa. Por suerte Nadeshiko se encuentra con Rin, una chica que está acampando ella sola y quien la salva.
En esta obra, un enorme sistema de cuevas llamado el “Abismo” es el único lugar inexplorado del mundo. Extrañas y poderosas criaturas residen en sus profundidades, junto a preciadas reliquias que los humanos son incapaces de producir. Los misterios del Abismo fascinan a los humanos y estos bajan a sus profundidades. Los aventureros que se adentran en él son conocidos como “Cave Raiders”. Una joven huérfana llamada Rico vive en el pueblo Osu en el filo del Abismo. Su sueño es convertirse en una “Cave Raider”, como su madre, y solventar los misterios del sistema de cuevas. Un día, Rico comienza a explorar las cuevas y descubre un robot con aspecto de un chico humano.
La protagonista de esta historia es Akko Kagari, una chica normal y corriente que tiene una meta en la vida: llegar a ser como la bruja Shiny Chariot. Para ello se inscribirá en la academia de jóvenes brujas Luna Nova, donde conocerá a otras chicas que se instruyen en el campo de la brujería. Sin embargo, allí aprenderá que Shiny Chariot no es tan respetada como ella pensaba.
La historia se desarrolla en Uchiura, una ciudad costera situada cerca de Numazu, a 130 kilómetros de Tokio. Con el fin de darle vida al pequeño Instituto al que asisten, que sólo tiene 100 estudiantes, las nueve protagonistas formarán un grupo de “School Idols”.
Una escuela situada entre los barrios japoneses de Akihabara, Kanda y Jinb?ch? en Tokio. Este centro se encuentra en peligro de ser cerrado por lo que nueve estudiantes femeninas luchan por convertirse en idols para dar fama a su escuela y aumentar la asistencia.
Yato es un dios menor cuyo sueño es tener una gran cantidad de seguidores que lo adoren y recen plegarias por él. Desafortunadamente, su sueño está lejos de hacerse realidad, ya que no tiene ni siquiera un solo santuario dedicado a él. Para empeorar las cosas, la única socia que tenía para ayudar a resolver los problemas de la gente acaba de renunciar. Su divina suerte sólo podría cambiar cuando se tropieza con Iki Hiyori, quien le salva la vida. Este hecho deja a Hiyori en un buen lío también, por lo que se quedará a su lado hasta que su problema se resuelva. Junto a Hiyori y su nuevo socio Yukine, Yato hará todo lo que pueda para ganar fama, reconocimiento y sólo tal vez, una capilla dedicada a él también.
Centrada en la Preparatoria Otonokizaka, la cual esta en riesgo de cerrarse debido al numero reducido de estudiantes. Para evitarlo, nueve chicas se volveran idols para promocionar su escuela.
Una vez, había un grupo de amigos de la niñez. Sin embargo, una vez que entraron en el instituto, ellos se distanciaron el uno del otro. Estos son: Jintan - el "hikikomori". Anaru - Ella solo quiere andar con sus novias. Yukiatsu y Tsuruko - Estos dos son apropiados estudiantes yendo a la escuela. Bobo - Más que entrar al instituto, él había optado para hacer algunos viajes. Anma - el que que cambia constantemente de grupo. Un día, Anma encuentra Jintan y le pide realizar su deseo. Para esto, los compañeros largo tiempo separados se juntan una vez más.
En esta segunda parte de Pretty Cure, la Reina decide convertirse en su forma original, pero su hesencia se divide en varias partes, las cuales son: Doce Hartiels (los deseos de la Reina) la resurrecion de voluntad, y la vida de la Reina. Pero por desgracia el Rey Haaku también obtiene una Vida. La Vida de la Reina es una niña llamada Hikari Kujou, que estudia primer curso, a la cual Akane encontro cerca del Takko Caffe y, ahora, trabajan juntas. Hikari se convierte en una Pretty Cure gracias a Porun, y su nombre es Shiny Luminosa, más tarde encuentra a Lulum, que le da mas poder. Para Shiny Luminosa es imposible atacar, solo puede aumentar el poder de Cure Black y Cure White con su Batuta Corazón. Las Pretty Cure intentan reunir todos los Hartiels para que Hikari vuelva a ser la Reina, y todo vuelva a ser como antes.
La historia gira alrededor de dos muchachas, Nagisa Misumi y Honoka Yukishiro, que luchan contra La Zona Dotsuku - una dimensión malvada que usurpó en el Jardín de la Luz. Las acciones de La Zona Dotsuku hicieron necesaria la fuga de dos guardianes del Jardín de la Luz, unas criaturas llamadas Mipple y Mepple. Ellos sirven como fuente de información para la serie, y generalmente se encuentran dentro de los dispositivos de transformación de las chicas, que son parecidos a teléfonos móviles. Durante cortos períodos de tiempo pueden transformarse en sus verdaderos cuerpos e interactuar con los demás. Inicialmente los tienen Cure White y Cure Black mientras buscan las Piedras Prisma, que colocan en un dispositivo conocido como Corazón de Prismas. El Corazón de Prismas es protegido por el Guardián, Wisdom. Una vez descubren todas las Piedras Prisma, su poder las lleva al Jardín de la Luz y repara la mayor parte del daño hecho por La Zona Dotsuku.
