La historia está centrada en los “Chronos Rulers”, aquellos que luchan contra los demonios devoradores de tiempo que aparecen cuando la gente desea poder volver al pasado. Los Chronos Rulers luchan contra estos demonios en batallas de manipulación del tiempo.
Es el año 2205, en donde los historiadores alternos están atacando el pasado para cambiar la historia. El sabio Saniwa tiene la misión de proteger la historia, y para esto ha juntado a los tipos de Tsukumogami más fuertes (objetos inanimados habitados por espíritus) llamados Touken Danshi (Guerreros espadachines).
En un mundo en el que youkais y humanos pueden coexistir e incluso enamorarse entre ellos, muchos youkais ven como sus humanos amados mueren antes que ellos debido a que tienen una esperanza de vida mucho más corta. Cuando un humano renace, los recuerdos de su vida anterior desaparecen, pero entre los youkai se ha hecho cada vez más popular el rumor de la existencia de cierto "servicio" especial para evitar eso. Este "servicio" lo proporcionan los Fox Spirit Matchmakers, quienes pueden hacer que el ser amado de cualquier youkai recupere sus recuerdos de su vida anterior y así continuar juntos con su amor. Esta es la historia de un joven Fox Spirit Matchmaker que intenta hacer feliz a la gente y difundir el amor ayudando a recuperar recuerdos perdidos.
Kaito Kuroba, un estudiante adolescente normal cuyo padre está a menudo ausente. Cuando su padre muere bajo circunstancias desconocidas, él descubre la identidad secreta de este; un famoso criminal internacional conocido como Criminal Internacional 1412: el Ladrón Fantasma, y que fue asesinado por una misteriosa organización al rechazar ayudarlos en la obtención de la “Gema Pandora”; una piedra mística que se dice que derrama una “lágrima” durante el paso de un cometa en particular (a menudo llamado “Cometa Volea”), y el consumo de ellas otorga la inmortalidad. Él jura prevenir que la organización obtenga la inmortalidad, asumiendo la identidad de su padre y así comienza su búsqueda de la gema. Sus únicas pistas al respecto de la ubicación de esta son: que emite un brillo de color rojo bajo la luna llena y que es doble; una gema escondida dentro de otra más grande. El protagonista investiga y roba famosas y preciosas gemas con raros orígenes de lugares con defensas increíblemente preparadas, y siempre las devuelve luego de la luna llena más cercana.
La historia gira alrededor de un chico que acaba de conseguir una cámara y como comienza a desarrollar la fotografía como su nuevo hobby.
Abe no Masahiro es un chico de 13 años, nieto del onmy?ji Abe no Seimei. A diferencia de su abuelo, Masahiro no muestra habilidad para ser un onmy?ji porque, cuando era pequeño, perdió su kenki, la capacidad de poder sentir y ver a los seres sobrenaturales. Por eso deja la idea de ser el sucesor de su abuelo y decide seguir el camino de la caligrafía, para la cual tampoco tenía talento. El chico está siempre con Mokkun, un tipo de demonio llamado ayakashi, el cual le sigue animando. Después de muchas decepciones, le llega una carta de su abuelo , en la cual le pide que se deshaga de un demonio que está atormentando al pueblo. Aunque él desea hacerlo, carecer de su kenki le impide verlo o sentirlo, por lo que Mokkun se ofrece a guiarle y aconsejarle. Durante la lucha contra el demonio, Mokkun revela que su nombre es Guren y que en su verdadera forma es un chico pelirrojo que controla el fuego. Con su ayuda, Masahiro derrota al demonio y recupera su ke
Yoshitaka, un chico de 14 años, pierde a sus padres en un accidente, y le queda una herencia millonaria y todas las propiedades de sus padres difuntos. Como se siente muy solo, Yoshitaka pone un anuncio en el que contrata personal para la enorme mansión en que vive. Mientras tanto, Mitsuki e Izumi Satawari huyen de casa, pues su padre no acepta a su mascota. Al ver el cartel, inmediatamente aceptan el trabajo, pues ya no tienen hogar. Estas dos lindas chicas, al empezar a trabajar en la mansión, descubren que Yoshitaka es un pervertido fetichista que las obliga a ponerse 'uniformes' que dejan poco a la imaginación. Con el paso de la serie, él empieza a ver el mundo con otros ojos, viendo que las cosas no suceden bajo su absoluto control.
Era el año 37 de la era Meiji (1904), cuando el gran Imperio japonés comenzó a incrementar su poder nacional rápidamente debido a la occidentalización durante la era Meiji. En otra parte del mundo, Rusia estaba extendiendo su hegemonía al este y pronto entró en guerra contra Japón. La Guerra fue conocida como la guerra "Ruso-Japonesa" a partir de ese momento. El ejército japonés, con una rápida serie de victorias sobre Rusia, asombró al mundo. La guerra finalizó con la caída del puerto ruso de Arthur (Lushun en China) de mano de la armada japonesa.