La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen se convierte en miembro de la Orden Negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio, una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad, haciendo uso de sus armas llamadas Akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada en el pasado. Se dice que hay 109 trozos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la Inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-Akuma. Esto se convierte en una carrera entre la Orden Negra y el Conde del milenio y sus aliados por conseguir la Inocencia.

La serie narra las aventuras de una compañía de transportes, no muy favorecida a ojos de la ley, establecida en la ciudad ficticia de Ruananpur, en Tailandia. Se centra en el conflicto interno de Okajima Rokuro (Rock). Éste es un ejecutivo de una empresa japonesa que es secuestrado por la organización Black Lagoon, y que decide pasarse a sus filas después de ver la humillación de sus jefes y el sistema al cual pertenece. Cerca de él se encuentra Rebeca Revy que es una joven china-americana muy buena con el manejo de armas pero bastante intolerante; ella protegerá a Rock a pesar de todo los sucesos que se presentan. Los acompañan Dutch, el jefe de Black Lagoon, y Benny, un experto en informática y sistemas de comunicación.

En este anime, el director Shinichiro Watanabe nos narra las aventuras de Spike, Faye, Jet Black, Ed y Ein... Un grupo muy peculiar de caza-recompensas que viaja a través del sistema solar en la nave Bebop. Balas, emoción y diversión se encuentran en cada una de sus sesiones autoconclusivas, las cuales los llevarán a enfrentar a un gran adversario y viejo amigo de Spike.