La historia se centra en una clase maldita y en los hilos del destino que llevan a todos los alumnos y alumnas de la misma hasta a la muerte. Hacía 26 años iba a esa clase una chica llamada Misaki. Buena deportista, popular, caía bien a todo el mundo, las mejores notas? pero un día murió dejando un vacío enorme en sus compañeros de clases. Estos, decididos a no olvidarla, siguieron actuando como si Misaki siguiera viva hasta la graduación. Años después, en primavera de 1998, un chico llamado Koichi Sakakibara es transferido a esa clase para no tardar en darse cuenta de que hay algo raro ahí, especialmente con esa tal Misaki que siempre ve al fondo de clase dibujando sola y que lleva un parche.

10 años antes de lo eventos de Fate/Stay Night, toma lugar la cuarta Guerra del Santo Grial, Emiya Kiritsugo, aliado con la familia Einzbern, recibe la funda de la espada sagrada e invoca al servant Saber, decidido a eliminar a sus enemigos y alcanzar el Grial.