La historia comienza en la región de Kamitsumihara, donde los indicios de la magia y la leyenda todavía pueden ser vistos. La región ha estado bajo la protección del clan de Kamiazuma desde que éste fue fundado. Todo gira en torno a Touka Kamiazuma y su encuentro con Momoka Kawakabe. Su reunión dará como resultado eventos que traerán de vuelta recuerdos de vidas antiguas, donde Touka es el portador de la espada de piedra y Momoka es una de las 3 diosas que deben sacrificarse para salvar a Kamitsumihara del Caos.

El anime toca temas un poco ocultos acerca de la cultura japonesa. Este se centra en Tatsuhiro Sato un joven quien ha perdido el deseo por seguir con la vida cotidiana. Tal es la rendición que decide convirtirse en un hikikomori (hikikomori es una persona que ha estado por voluntad propia en aislamiento del mundo). Al termino del tercer año de aislamiento, el personaje denota un desorden psicológico, al grado a que el mismo llega a la conclusión de que por una conspiración ficticia de la N.H.K. (Nihon Hikikomori kyokai, Asociación Japonesa de Hikikomoris) el es un hikikomori. Tatsuhiro Sato comienza de nuevo a involucrarse con el mundo con la ayuda de Misaki Nakahara, quien se propone ayudarlo y Kaoru Yamazaki un joven otaku quien sirve de apoyo moral. El anime sobre salta los problemas que tienen los hikikomoris por reintegrarse a la sociedad y la gran voluntad que deben emplear. Tambien involucra temas como el lolicon, los suicidios y la obsesión hacia los videojuegos.

La historia comienza cuando Nozomu Futami, el protagonista, vuelve a la ciudad donde creció para asistir a clases y vivir con su tía, ya que su padre ha conseguido un trabajo como astrónomo en Hawai, y Nozumu ha preferido quedarse en Japón. Su tia es custodia de un templo en el cual hay una piedra que según la leyenda local recuerda la maldición de dos hermanas gemelas que se enamoraron del mismo hombre, y este al no poder elegir por ninguna de las dos, murieron de pena convirtiéndose en dos pequeñas aves; y según dicen es la causa principal que la ciudad tenga más hermanas gemelas de lo normal. Y nozumo tendra que lidiar con el amor de varias gemelas, al igual que la leyenda.

La historia gira alrededor de Shikimori Kazuki un joven mago proveniente de familia con un bajo nivel mágico dado que el solo tiene 8 magias, pero todo cambia un día que se rebela que el es descendiente de los mejores magos del mundo, pero el poder no reside en el, sino en su hijo por medio de sus genes, es entonces cuando aparecen tres chicas hermosas Kuriko Kazetsubaki(la chica mas hermosa de la escuela, quien solo busca a Kazuki para publicidad de su empresa), Rin Kamishiro (estudiante de primero, busca restablecer el honor de su familia), y Yuuna Miyama (chica que conoció de pequeño, quien dice ser su esposa, busca el verdadero amor de Kazuki a pesar de que el no la recuerde) todas ellas a la caza de los genes de Shikimori...

El protagonista de la historia, Jun'Ichi Asakura, que va a la Academia Kazami, tiene el poder de ver los sueños de los demás cuando duerme. Además, aprendió la magia que le enseñó su abuela, que le permite crear dulces. Un día, Jun'Ichi parece haber visto los sueños de otra persona cuando dormía. En ese sueño, una niña de su propia infancia apareció. Pero su hermana Nemu lo despierta, haciéndolo volver de golpe a la realidad. Aunque no son realmente hermanos (ella es adoptada) tienen una vínculo muy fuerte, tanto que a veces da la impresión de que fueran amantes.