La historia de suspenso psicológico gira en torno a las personas que poseen la capacidad de infiltrarse en las mentes humanas y manipular los recuerdos. Sus poderes han sido utilizados con frecuencia en el mundo para encubrir accidentes, asesinatos y todo tipo de crímenes.
En el continente de Patria encontramos la nación democrática de Patria. Debido a disputas económicas, el país ahora está dividido en la Unión de Patria al norte y la Confederación de Patria al sur, dos bandos enzarzados en una ya demasiado larga guerra civil. Cuando el norte comienza a perder tropas y a verse en desventaja su solución es utilizar tecnología prohibida para acabar de una vez por todas con el sur. Esta tecnología convierte a los humanos en una especie de soldados-monstruos que les otorga poderes casi divinos… y con esos poderes, la guerra llegó a su fin.
¿Alguna vez fuiste víctima de una posesión espiritual? ¿Hay algún fantasma que quieras hacer desaparecer de tu casa... o hacerlo arder eternamente en el infierno? Si respondiste "sí" a cualquiera de estas preguntas o a cualquier otra similar, entonces necesitas a Muhyo y Roji, expertos en las leyes de lo sobrenatural. Hacer justicia con los espíritus es su especialidad.
Rachel es una chica de 13 años que se despierta en el sótano de un edificio abandonada. No recuerda nada sobre quién es, ni sabe qué está haciendo allí, con lo que comienza a vagar por el edificio dando tumbos mientras intenta comprender qué sucede. Es entonces cuando se encuentra con un hombre cubierto de vendas que dice llamarse Zack y que porta una guadaña. Entre ambos se formará un extraño vínculo que se fortalecerá mediante una serie de igualmente extrañas promesas. Ninguno de los dos sabe qué destino les aguarda en dicho edificio abandonado, pero trabajarán juntos para encontrar una salida…
En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.
Kamijo Touma vive en Academy City, una ciudad dedicada a los experimentos científicos y a la formación académica en donde la mayoría de los ciudadanos son estudiantes, y un porcentaje importante de los edificios son escuelas de diferentes niveles. Una serie de acontecimientos atípicos llevan a Touma a descubrir la existencia de Neccesarius, una organización religiosa que usa la magia y que es una fuerza opositora a los Espers del "lado de la ciencia" de Academy City, los que usan poderes psíquicos. En el marco de una serie de conflictos entre magos y psíquicos, Touma conoce gente que cambia su vida, como su compañera inseparable Index, y deberá tomar decisiones que decidirán la victoria de uno u otro bando. Pero a Touma no le importa la ideología de ninguno y lo que hace es por proteger a las personas importantes para él. En esta es la segunda temporada de "To Aru Majutsu no Index", Touma ya cuenta con aliados de ambos bandos.
Kosuke Ueki, un chico normal que vive en Japón, vive una vida normal, amigos normales... pero él se siente diferente. Un día, un nuevo profesor, el profesor Kobayashi, se interesa en Ueki tras saber que él lo que más desea es justicia en el mundo. Tras esto, le revela a Ueki su verdadera identidad; Kobayashi es un candidato a Dios Supremo, y para conseguir el puesto, debe elegir a un chico para que le represente como tal en un torneo donde todos los chicos elegidos por los candidatos a Dios deberán enfrentarse. Así, el profe Koba le da a Ueki el poder de convertir la basura en árboles, con el que deberá luchar y saber usar inteligentemente. Y así, fue como comenzó la nueva vida de Ueki...