En el período de la larga guerra civil en Japón, el territorio está dividido en distintas provincias con un régimen semi-independiente de gobierno, regidas por los señores feudales que se enfrentan unos a otros en una lucha interminable por el poder y conquistar territorios. Estos señores de la guerra se alzaron en todos los rincones del archipiélago, creando una situación de guerra continua. Algunos de los líderes que se enfrentaron fueron: Takeda Shingen y Sanada Yukimura en Kai, Uesugi Kenshin en Echigo, Azai Nagamasa en Oumi, Honda Tadakatsu y Tokugawa Ieyasu en Mikawa, etc. Peero, un hombre parece estar a solo un paso de establecer un control total sobre el país, el Sexto Rey Demonio, Oda Nobunaga de Owari. Sin embargo, aparece un nuevo personaje en el escenario del conflicto, Date Masamune, el ?Dragón de un solo Ojo?, un joven general de las provincias del Norte. Sus objetivos son claros, la cabeza de Oda Nobunaga y conseguir el control por el clan Date.

Ryougi Shiki, un adolescente que tras despertar de un coma de dos años, producto de un accidente de tránsito, descubre que posee el increíble don de ver la muerte en todo ser vivo debido a los chokushi no magan, unos ojos capaces de percibir la muerte de todas las cosas. Pero siente haber perdido algo a cambio de ese poder. Todo niño nacido en la familia Ryougi (ya que por lo general nacen siempre varones) son entrenados en diversas disciplinas para que logren dividir su personalidad y así formar una clan de seres humanos superiores. Así, todo miembro de la familia posee una personalidad masculina y otra femenina, las cuales utilizan según la ocasión que se les presenta. Luego de despertar, Shiki siente que su personalidad masculina ha muerto en él, lo que le lleva a sustituir la muerte espiritual de esa personalidad por el tono masculino que poseerá en toda la historia. Un mundo tenebroso, donde el cuchillo de Shiki atraerá los reflejos de muchos misterios...

La historia trata de un periodista llamado Hayato Mikogami que regresa a su ciudad natal a Otomo para investigar los rumores de extraños asesinatos realizada por un hombre que lleva una máscara de cráneo (Skull Man).

Bokurano narra la historia de 15 niños, de edades comprendidas entre los 10 y 15 años, que se ven metidos en un "juego" para salvar el planeta de una invasión de monstruos que vienen de una galaxia muy lejana. Para ello cuentan con Zearth, un robot gigante que tendrán que pilotar para luchar. Si pierden alguna de las batallas su mundo se destruirá. Existen además otras reglas que lo hacen aún más cruel, el robot solo puede ser dirigido por una persona cada vez, y después de dirigirlo morirá.

Un territorio inescrutable e inexplorado conocido como Hell's Gate (La Puerta del Infierno), hizo aparición de pronto en el pasado, privando a Tokyo de su cielo original. Como consecuencia, aparecieron también personas con habilidades especiales, los Dolls (Marionetas) y los Contratistas. Las Marionetas son mediums carentes de emoción, mientras que los Contratistas poseen ciertos poderes especiales, y parecen tener como principal finalidad la de matar. Las agencias de inteligencia de todo el mundo utilizan Contratistas para encubrir secretos relacionados con la Hell's Gate, y llevan a cabo violentas batallas por la posesión de información al respecto.

Cuenta la historia de un joven y trágico amor en la ciudad aérea de Neo Verona. La tiranía reina en esta isla del cielo después de que la familia Montague se hiciese con el control hace 14 años. La desigualdad ente ricos y pobres es evidente en el Estado, la tierra se seca y el agua se estanca. El cielo mismo esta envuelto en una profunda y densa niebla. Las familias de Romeo y Julieta han sido dirigentes de Neo Verona. Romeo es el hijo del actual dictador Montague, Julieta (una hermosa mujer) se disfraza de hombre (Odin) y es la última descendiente de los Capulet, los anteriores dirigentes de Neo Verona, que fueron asesinados hace 14 años. Su verdadero pasado no le puede ser revelado hasta que cumpla los 16 años, mientras es criada por su ama. El cruel destino hace que dos personas se conozcan y acaben enamorandose.