Treinta jóvenes hombres y mujeres reunidos en un sospechoso autobús turístico. ¿Su destino? La elusiva y posiblemente imaginaria aldea de Nanakimura, un lugar del que se dice que en él se puede llevar una existencia utópica, libre de los obstáculos que impone el mundo… O eso dicen los rumores, la leyenda urbana. “Desesperados por el mundo real… deseosos de escapar de su tediosa vida diaria… queriendo comenzar sus vidas de cero…” El autobús se adentra en las montañas cargado con treinta personas, cada una de ellas con sus propias expectativas y sus propias heridas en el corazón… Y así, el lugar al que llegan los treinta es una aldea deshabitada en la que se siente el tenue aroma de la vida, pese a su notable estado de abandono. ¿Cuál es la verdad que Nanakimura esconde a estas treinta personas?

En una época en la que ocurren desastres naturales a gran escala frecuentemente en todo el mundo, donde cyborgs y robots autónomos comienzan a aparecer en el mercado de países tecnológicamente avanzados y donde las principales potencias del mundo compiten por tecnología y recursos, la brecha entre los ricos y los pobres crece y el futuro para estos últimos parece sombrío. En este escenario de transición, nadie parece ver una salida a su situación… Esta es la historia de cómo dos niñas cibernéticamente mejoradas se conocen. Sus nombres son Nene y Clarion.

Si bien la joven Angelique vive sus días en paz en su escuela, los ataques de los monstruosos Thánatos han ido en aumento por todas partes. Dos Purificadores, los hombres con el poder de exterminar los Thánatos, aparecen un día. Uno de ellos, Nyx, intenta convencerla de unirse con ellos en su trabajo, ya que ella tiene el poder de la única mujer Purificadora pero Angelique duda. Entonces un Tánatos aparece en su escuela, Nyx y el otro Purificador, Rayne, luchan en una batalla perdida. Con sus compañeras de clase siendo presa del Thánatos, y los Purificadores siendo golpeados en su presencia, Angelique del deseo de salvarlos a todos despierta y se convirte en la única mujer Purificadora en la tierra de Arcadia, aquella conocida como el "Queen's Egg" ("Huevo de la Reina").

Las historias de fantasmas son el pasatiempo favorito de Mai Taniyama y sus amigas, hasta cuando se encuentra a Kazuya Shibuya, quien es un caza fantasmas enviado a investigar ciertos eventos extraños que ocurren en la escuela de Mai, en una ocasión Mai se ve envuelta en una situación algo peligros y es rescatada por el ayudante de Kazuya, quien sufre un accidente al salvarla quedando incapacitado, de eso Kazuya exige que Mai sea su asistente, para pagar por los problemas que causo y así comienza esta historia.

La historia comienza cuando Nozomu Futami, el protagonista, vuelve a la ciudad donde creció para asistir a clases y vivir con su tía, ya que su padre ha conseguido un trabajo como astrónomo en Hawai, y Nozumu ha preferido quedarse en Japón. Su tia es custodia de un templo en el cual hay una piedra que según la leyenda local recuerda la maldición de dos hermanas gemelas que se enamoraron del mismo hombre, y este al no poder elegir por ninguna de las dos, murieron de pena convirtiéndose en dos pequeñas aves; y según dicen es la causa principal que la ciudad tenga más hermanas gemelas de lo normal. Y nozumo tendra que lidiar con el amor de varias gemelas, al igual que la leyenda.

Naoki ha quedado huerfano tras un accidente de sus padres. Ahora vive en casa de sus tios y de su prima, con la cual no se lleva muy bien. Cada día, va a la escuela con su amiga de la infancia Honami. Un día, descansando tranquilamente en el patio de su escuela sobre una banca, cae del cielo una chica alada que confunde a Naoki con un tal Yuusuke. Desde entonces será su nueva compañera de clase.

La historia relata la historia de un estudiante de secundaria llamado Makoto. Un día, en su escuela, tratando de escapar del presidente del consejo estudiantil ve que todo se congela y una voz lo llama. Sigue a esta voz que lo lleva a las ruinas que se hallaron el sótano de su escuela y se encuentra con una joven mujer que cambiara la vida para siempre y darán comienzo a sus aventuras en el mundo de El Hazard.