La Tierra es invadida por seres extra-dimensionales, conocidos como ?Los Nova?. Kazuya perdió a su hermana en la guerra que se desató contra estos seres, y decide enrolarse en Genetics, una academia militar donde se entrena a las guerreras conocidas como Pandoras, quienes, mediante la implantación en sus cuerpos de un tejido conocido como Stigmata, adquieren las habilidades necesarias para combatir a los invasores. Pero, no pueden combatir solas, necesitan una pareja, un chico joven llamado Limiter, que evite el efecto de ?Freezing? (Congelamiento, del espacio-tiempo en este caso) que es lo que sucede siempre que los Nova aparecen. Kazuya terminará siendo el compañero de Bridget L. Satellizer, conocida como ?La Reina Intocable?, ya que por su ferocidad y carácter insoportable, es la única Pandora que jamás ha sido capaz de tener una pareja estable. Juntos, se ayudarán mutuamente para tratar de sanar las heridas del pasado.
Muon Sorata es un estudiante de universidad ordinario, sin embargo, hay un secreto grande debajo de él. Es realmente un ladrón misterioso llamado "MOUSE". Él es elegante, rico, de gran alcance e influyente. Después de todo, él roba todo lo que se propone. Tiene tres subordinadas hermosas (esclavas). Momozona Mei, una informática y experta en física; Kuribayashi Yaoi, experta en química; y Kakio Hazuki, un luchadora ágil, buenas en el combate y los deportes. Y no hay nada que no pueda ser robado por "MOUSE"...
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