De niña, Sakura Mamiya desapareció misteriosamente en el bosque detrás de la casa de su abuela. Ella regresó sana y salva, pero desde entonces tiene el poder para ver fantasmas. Ahora adolescente, ¡solo desea que los fantasmas la dejen en paz! En la escuela, el escritorio al lado de Sakura ha estado vacío desde el inicio del año escolar, pero un día su compañero siempre ausente se presentó, ¡y es algo más de lo que aparenta!

La historia se remonta con la llegada de Satoshi y su compañero Pikachu a la región Kalos con el objetivo de ganar la liga, en este viaje se encontrará a dos nuevos compañeros Citron un líder de gimnasio, Eureka la hermana pequeña de este líder y Serena una antigua amiga de la infancia de Satoshi.

Koi de Senkyo de chocolate sigue el protagonista Yuuki Oojima, que asiste a la academia privada Takafuji, que es una mega-escuela con más de 6.000 estudiantes. Yuuki es un miembro del club de cocina, junto con otras siete personas, incluyendo a su amigo de la infancia Sumiyoshi Chisato. Los miembros pasan tranquilamente su tiempo en el club sin hacer muchas actividades. Cuando se avecinan las elecciones para el próximo presidente estudiantil se lanza la propuesta de que todo club que no tenga el mérito de existir en la escuela debe de desaparecer, es entonces cuando nuestro protagonista decide postularse para presidente del consejo estudiantil para evitar tal evento.

La serie está ambientada en un futuro próximo. Yuma Tsukumo es el número uno chico malo en su escuela. Algo inesperado sucede como Ryoga Kamishiro lo reta a un duelo. Cuando la misteriosa entidad astral aparece ante ellos una nueva leyenda comienza.

Satoshi, después de quedar entre los 4 mejores entrenadores de Shin'?, se va de vacaciones con su madre y el profesor Yukinari Ookido, a la región de isshu. En esta aventura se les une iris, una chica salvaje. Satoshi al observar a los pokemon de la zona, decide participar en la liga de la region.