Fairy Tail cuenta la historia de un joven mago llamado Natsu en la búsqueda de su maestro y padre adoptivo Igneel que resulta ser un dragón. Por ello se unió a Fairy Tail, un gremio de magos que es famoso por los destrozos y daños que provocan en diversas ciudades (lo cual no debería ser así). El mundo de Fairy Tail gira alrededor de los magos (los cuales poco tienen que ver con la idea general del mago común) que realizan encargos a cambio de dinero, similar a un cazarecompensas. Natsu conoce a Lucy, una guapa muchacha cuyo sueño era ingresar a un gremio de magos, específicamente, a Fairy Tail, lo cual consigue gracias a la ayuda de Natsu. De ahí en adelante, la historia sigue los movimientos de esta pareja de magos los cuales se ven envueltos en un sin número de aventuras antes de conseguir la meta final de encontrar a Igneel.
Respondiendo al llamado de la "Raza de Oro" (Gold Race), todas las razas se van al espacio. La raza humana es la ultima en salir, y por ello son conocidos como la "Raza de Hierro".Mucho tiempo ha pasado desde eso, y la humanidad es amenazada con la extinción a manos de la dominante "Raza de Plata". Para poder salvar a su gente, la Princesa Deianeira se embarca en una aventura a una galaxia muy lejana, siguiendo las profecías de la Raza Dorada heredadas por la familia real. Ella conoce a Eiji, juntos cambiaran el destino del universo.