La historia gira en torno al día a día de Itsuki, un novelista y “el Pygmalion de esta época” que trabaja día tras día para crear la “Imouto definitiva”. El chico está acompañado de varios personajes: Una bella e ingeniosa escritora que está enamorada de él, una compañera de la universidad que es como su hermana mayor, un compañero escritor, un contador fiscal sádico y su editor. Y luego está Chihiro, el perfecto hermanastro menor de Itsuki, que se encarga de cuidar de todos ellos mientras guarda un serio secreto…

Schwarzesmarken es un spin-off de la serie Muv-Luv Alternative, pero los eventos toman lugar en 1983. El Escuadrón de TSF 666 del Ejército Occidental Alemán "Schwarzesmarken" (Marcas Negras) son una unidad de fuerzas especiales encargadas con la misión de atacar a las fuerzas BETA por medios poco convencionales, Sus órdenes siempre tienen la máxima prioridad, por lo cual acostumbran a ignorar los pedidos de ayuda de las unidades aliadas que podrían desviarlos de su misión principal, aunque sea por un momento.

La película termina cuando Saya ya convertida en una humana completa, camina en una carretera y alli se ve su ojo derecho como parte Furukimono, debido como parte del acuerdo por cumplir su deseo solo su ojo derecho es lo unico que le queda de parte Furukimono, Saya empieza a recordar a sus amistades que tuvo y que se perdieron durante la batalla contra Fumito y su legion de "Los Antiguos". Mas tarde un e-mail anonimo enviado al una central de periodicos por Hiro, abren la informacion sobre los propositos y los involucrados en donde ellos estan Fumito y Yuuka Amino.

La historia está protagonizada por una clase de instituto en la que los estudiantes discuten sobre todo tipo de temas extraños como parte de la actividad de la clase.