En el año 1600, la decisiva batalla de Sekigahara se llevó a cabo. En la prefectura de Satsuma, el comandante de la familia militar Shimazu, Toyohisa Shimazu, logró escapar de las garras de la muerte después de retirarse del campo de batalla y perderse por las montañas. En medio del aguacero, termina metiéndose en un cuarto que era como una especie de pasillo infinito con muchas puertas. En este lugar, Toyohisa es lanzado por una de las puertas sin antes poder preguntarle nada al hombre misterioso, Murasaki. Ahora está en un mundo regido por el reinado Orte. Este es un mundo donde los humanos viven junto a los demi-humanos. Junto a los héroes de guerra Nobunaga Oda y Yoichi Nasu que han llegado de igual forma pero de otros tiempos, Toyohisa deberá aplicar su habilidad de samurai para enfrentar el campo de batalla de este nuevo mundo.

La historia se sitúa en diciembre del año 2199, en un momento en que las calles están llenas de emoción por la llegada de un nuevo año. Durante estas celebraciones, se empieza a correr el rumor de que Ragna the Bloodedge, un rebelde de clase SS y con la mayor recompensa de la historia por su cabeza, ha aparecido en la Décimo tercera Ciudad Jerárquica, Kagutsuchi. El aparente objetivo de Ragna, es la destrucción del sistema que contra al mundo. Con tal de conseguir la recompensa, un sinfín de estrambóticos luchadores se han reunido en las calles de Kagutsuchi.

La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...

La historia se basa en un pitcher llamado Tokuchi T?a capaz de lanzar rectas a tan solo 134 km/h (8 3 m/h), a pesar de no contar con un amplio repertorio de lanzamientos ni contar con una buena velocidad es el rey indiscutible de una forma de béisbol llamda "One Out". La historia empieza cuando Hiromichi Kojima; el bateador estrella del ficticio equipo de los Lycaons de la Liga Japonesa del Pacífico, viaja a la isla de Okinawa para entrenarse y superar una mala racha y aquí es donde conoce a Tokuchi. Debido a la insistencia de Kojima, Tokuchi firma con los Lycaons pero con un contrato inusual: gana 5.000.000 yen por cada bateador que elimine, pero pierde 50.000.000 de yen por cada punto que pierda, significando esto que no puede dar bases por bola, ni permitir hits ni errores. Llegarán o no los Lycaons a ganar la liga...

Un territorio inescrutable e inexplorado conocido como Hell's Gate (La Puerta del Infierno), hizo aparición de pronto en el pasado, privando a Tokyo de su cielo original. Como consecuencia, aparecieron también personas con habilidades especiales, los Dolls (Marionetas) y los Contratistas. Las Marionetas son mediums carentes de emoción, mientras que los Contratistas poseen ciertos poderes especiales, y parecen tener como principal finalidad la de matar. Las agencias de inteligencia de todo el mundo utilizan Contratistas para encubrir secretos relacionados con la Hell's Gate, y llevan a cabo violentas batallas por la posesión de información al respecto.

Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.

Después del Armagedon, aparecieron ciertas criaturas inteligentes que se alimentaban de sangre humana, en base a las antiguas leyendas se les llamó "Vampiros". Entonces comenzó una guerra fría entre el Imperio de la Humanidad Verdadera, nación de los vampiros, y el Vaticano, convertido ahora en el centro de la civilización Humana. Aunque ninguna de las dos partes desea una guerra, existe un grupo extremista que busca deshacer el pequeño equilibrio entre las dos naciones y comenzar la lucha: la Orden Rozenkreuz. Por ello en el Vaticano la Cardenal Caterina Sforza, ministra de Asuntos Exteriores, ha creado la Agencia AX, cuyos miembros son clérigos entrenados para la batalla y que poseen habilidades especiales. Entre ellos se encuentra el Protagonista, Abel Nightroad, quien es realmente un Cruznik, una especie diferente y casi desconocida que se alimenta de la sangre de los vampiros.