El protagonista de esta obra es Aki Shiina, un estudiante que quiere ser más masculino. La historia sigue las relaciones entre Aki y Ayaka Sunohara (la maternal encargada de Sunohara-sou) y también con otras compañeras en la secundaria.
JD (Junk Dog) participa en combates cerrados de boxeo en un ring subterráneo para sobrevivir. Hoy, entra en el ring de nuevo, pero se encuentra con cierta persona. JD quiere aceptar el reto con el que lo arriesgará todo.
En un continente gobernado por un caos que trae el desastre, los grandes señores tienen el poder del “Emblema”, un sello sagrado que puede apaciguar el caos y proteger a su pueblo. Sin embargo, antes de que nadie se de cuenta, los gobernantes abandonan su misión de purificar el caos para empezar a luchar entre ellos con el objetivo de hacerse con los demás Emblemas. Nuestra protagonista es Siluca, una maga que se burla de los gobernantes por abandonar su misión, y un caballero errante llamado Theo, que viaja para entrenarse y liberar de la tiranía a su pueblo. Siluca y Theo realizan un pacto por el que deben viajar juntos para reformar el continente.
Ichiro Inuyashiki es un hombre de 58 años, con una vida bastante rutinaria, empleado de oficina y una familia que prácticamente le desprecia. Un día, tras un chequeo médico, descubre que tiene cáncer terminal y que le queda poco tiempo de vida. Por si fuera poco, de camino a casa… ¡Una nave extraterrestre aterriza encima de él!
Al despertar, Inuyashiki ya no es el mismo: ha sido reconstruido como una máquina de matar. Pero un nuevo cuerpo conlleva una gran responsabilidad: ¿se convertirá Inuyashiki en un héroe o quizás en la peor pesadilla de la humanidad?
En una Inglaterra victoriana imaginaria, Allen Walker es miembro de una misteriosa organización conectada con el Vaticano que intenta erradicar de la faz de la tierra a los Akuma, armas demoníacas capaces de apoderarse del cuerpo de una persona para sembrar el mal adondequiera que vayan.
Schwarzesmarken es un spin-off de la serie Muv-Luv Alternative, pero los eventos toman lugar en 1983.
El Escuadrón de TSF 666 del Ejército Occidental Alemán "Schwarzesmarken" (Marcas Negras) son una unidad de fuerzas especiales encargadas con la misión de atacar a las fuerzas BETA por medios poco convencionales, Sus órdenes siempre tienen la máxima prioridad, por lo cual acostumbran a ignorar los pedidos de ayuda de las unidades aliadas que podrían desviarlos de su misión principal, aunque sea por un momento.
La historia toma lugar en el actual Japon, pero, lo delicadamente diferente a la realidad, son 7 reyes combatiendo entre ellos, y el destino de un chico que termina entre estas batallas de extrañas habilidades... "El rey rojo" Suoh Mikoto, que lidera HOMRA y "El rey azul" Munakata Reisi que lidera el Sector 4, ambos persiguiendo al sospechoso de cierto caso, Isana Yashiro, quien tiene que enfrentarlos uno tras otro. Sin embargo, Shiro, quien no es culpable, huirá de una y de otra forma de ambos grupos sin siquiera saberlo. Y entonces, apareciendo frente a Shiro, está un chico de largo cabello vistiendo completamente de negro, Yatogami Kuroh. Con ese encuentro, el destino de Shiro esta ahora adelantándose...
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.