La historia se sitúa en un Japón de dentro de mil años. Cinco niños (Saki la protagonista, Satoru, Maria, Mamoru y Shun) han nacido y se han criado en un tranquilo pueblo del cual se podría decir que es una utopía, con agua abundante y verdes zonas. El mundo de esa época está gobernado por aquellos con el ?poder maldito?, también conocido como ?el poder de los dioses?: la telequinesis. Tras cierto incidente, Saki y los otros acaban descubriendo la verdadera naturaleza del mundo en que viven. Entonces se dedican a estudiar toda la historia de la humanidad para descubrir cómo ha llegado hasta ese punto. Los cinco se embarcarán en una arriesgada aventura para luchar por proteger a sus amigos en un mundo al borde del colapso.

Higurashi no naku koroni narra la historia acerca de la llamada Maldición de Oyashiro-sama, consistente en el asesinato de una persona y la desaparición de otra, que se cumple todos los años en la tranquila villa de Hinamizawa desde unos incidentes de 5 años atrás durante la noche festiva del Watanagashi. Keiichi Maebara y su grupo de amigos, que hasta esa noche viven tranquilamente en la villa, se ven envueltos en el caso de la maldición en las varias sagas. Cada una de estas sagas revela varios detalles acerca la "maldición" y tiene un final distinto que acaba, normalmente, con el asesinato de algunos miembros del grupo.