En el año 298 de la era de los dioses, las chicas de escuela primaria Sumi Washio, Sonoko Nogi y Gin Minowa son encargadas con una importante misión. Se han vuelto héroes y luchan contra Vertex, un misterioso enemigo que está atacando a Shinju-sama, el dios árbol que protege Shikoku, la única área en el mundo que es aún habitable.
La historia se desarrolla en Uchiura, una ciudad costera situada cerca de Numazu, a 130 kilómetros de Tokio. Con el fin de darle vida al pequeño Instituto al que asisten, que sólo tiene 100 estudiantes, las nueve protagonistas formarán un grupo de “School Idols”.
La historia toma lugar en la era de los dioses, año 300. Yuuna Yuuki vive una vida ordinaria como estudiante de segundo año de secundaria, pero también es un miembro del “Club de Héroes”, donde las actividades de este club tienen que ver con tratar con un misterioso ser llamado “Vertex.”