«Hanako-san, Hanako-san… ¿estás ahí?» En la Academia Kamome, abundan los rumores sobre los llamados Siete Misterios de la escuela, uno de los cuales es Hanako-san. Se dice que si utilizas el tercer puesto del baño de mujeres del tercer piso en el viejo edificio de la escuela, Hanako-san te concederá cualquier deseo una vez la invoques. Nene Yashiro, una chica de preparatoria y estudiante de la Academia amante del ocultismo, se aventura a este baño encantado… ¡pero el Hanako-san que todos creían no tiene nada que ver con lo que imaginaban! ¡Resulta que Hanako-san en la Academia Kamome… es un niño!

La historia transcurre en Tokyo 10 años después de un gran terremoto que hunde el 70% del territorio en el océano. Ganta Igarashi es un sobreviviente de 14 años y no recuerda nada sobre el incidente, vive una vida normal, hasta que un día en clase aparece un extraño sujeto rojo, que asesina a todos sus compañeros dejándolo vivo solo a él!! no sin antes introducir un cristal rojo en su pecho. Despues de ocurrido el crimen, Ganta es culpado por la masacre y sentenciado a cadena perpetua en la prisión llamada Deadman Wonderland. No es una prisión cualquiera, es un macabro lugar donde la principal atracción son los presos, sirviendo a la vez como Staff y Animadores. Debido a la cruel naturaleza del "crimen de Ganta" se suma una condena a muerte, colocandole un collar que inyecta lentamente una dosis de veneno, y para conseguir el antídoto, deberá participar en algunos mortales juegos, ademas debe encontrar al verdadero asesino para probar su inocencia.

Fairy Tail cuenta la historia de un joven mago llamado Natsu en la búsqueda de su maestro y padre adoptivo Igneel que resulta ser un dragón. Por ello se unió a Fairy Tail, un gremio de magos que es famoso por los destrozos y daños que provocan en diversas ciudades (lo cual no debería ser así). El mundo de Fairy Tail gira alrededor de los magos (los cuales poco tienen que ver con la idea general del mago común) que realizan encargos a cambio de dinero, similar a un cazarecompensas. Natsu conoce a Lucy, una guapa muchacha cuyo sueño era ingresar a un gremio de magos, específicamente, a Fairy Tail, lo cual consigue gracias a la ayuda de Natsu. De ahí en adelante, la historia sigue los movimientos de esta pareja de magos los cuales se ven envueltos en un sin número de aventuras antes de conseguir la meta final de encontrar a Igneel.

Estamos en el sexto año de la era Kan'ei (1629), al inicio del período Edo. La historia toma lugar dentro del castillo de Suruga. El primer duelo del torneo, en el cual en reveldía a las leyes existentes, se permite el uso de espadas reales, reune por última vez a dos espadachines cuyo pasado entrelazado, es tan hermoso y horrible como las heridad que llevan en sus cuerpos. Un excepcional artista de manga decide abordar el trabajo prohibido de la última y enorme figura de la literatura samurai, sólo al darle vida a un drama del período, lleno de tragedia intransmisible y crueldad

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.