En plena época de los samurái, los alienígenas (conocidos como Amanto) invadieron Japón y, pese a la resistencia de varios fieros guerreros Joui, consiguieron tomar el país, llevando a Edo hasta una etapa de esplendor medio futurista. En medio de todo esto está Gintoki, samurái que luchó en la guerra contra los Amanto, pero que ahora se dedica a hacer cualquier trabajo que se le encargue en la Yorozuya, su oficina de chico para todo.

Cuando Hina-chan se enamora de Koyuki Ayase en la escuela, su falta de valor hace que él se gradúe y vaya a preparatoria sin saber sus sentimientos. Pero cuando llega el momento de escoger, Hina decide que irá a la preparatoria de su antiguo senpai para declararle su amor.

La historia se ubica en una escuela católica para chicas llamada Ame no Kisaki, en donde es transferida la protagonista, Kanako Miyamae, quien posee una fobia hacia los hombres debido a las malas experiencias que ha tenido con estos en su niñez. Kanako tiene el objetivo de encontrar una novia en el colegio, motivada por la historia de amor entre sus padres, su madre era una alumna de dicha institución mientras que su padre era un profesor. En la escuela conoce a María, una chica rubia que en una primera impresión le parece hermosa, con un carácter amable y fresco, una chica perfecta. Kanako en seguida se enamora de su compañera, pero pronto descubre su terrible secreto