Tokio se encuentra bajo un extraño fenómeno: ¡la gente entra, sin remedio, en combustión espontánea! Aunque, afortunadamente, hay un equipo a cargo de mantener a raya este particular infierno… ¡Fire Force! Que, además, ahora cuenta con un nuevo miembro: Shinra, un adolescente de sonrisa perturbadora, poder curioso y cuyo objetivo es convertirse en un héroe.
Los estudiantes de la clase 3-E tienen una misión: asesinar a su profesor antes de la graduación. Él ya ha destruido la luna, y prometió destruir la Tierra si no es asesinado dentro de un año. Pero, ¿cómo podrá esta clase de inadaptados asesinar a un pulpo extraterrestre, capaz de alcanzar la velocidad Mach 20, y que quizás ha sido el mejor profesor que han tenido?
Hinata Shouyou, al ver un partido de voleibol, pretende convertirse en "El pequeño gigante", y se une a la escuela media de voleibol del club. Después de encontrar nuevos miembros, se establece para el torneo de la escuela secundaria, donde se cruzan con una escuela superior, con el "Rey del juego superior", Kageyama Tobio .Aunque su equipo perdió, Shouyou sigue decidido a seguir adelante y vengarse de Kageyama. Al entrar en la escuela secundaria, recibió la sorpresa más grande - que Kageyama se encuentran en la misma escuela y el club!
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.