La historia comienza en una ciudad llamada Romdo en la cual habitan humanos y unos robots denominados ?Autoraves?, pero luego ocurren una serie de asesinatos causados por Autoraves infectados con un virus denominado ?Cogito?, el cual dota de emociones a los robots. ?Vincent? un inmigrante encargado de eliminar autoraves infectados se ve involucrado con uno llamado ?PINO? la cual es acusada de causar la infección en la ciudad. Mediante las investigaciones ?Lil Mayer? llega a Vincent del cual se desconoce su pasado, mientras tanto Vincent y pino son expulsados de romdo , Lil comienza a dudar sobre las leyes de la ciudad y decide ir a buscarlo lo que la lleva a comenzar un viaje lleno de secretos y situaciones inesperadas junto a Vincent y pino por el mundo en busca del pasado de Vincent, donde descubrirán a un mundo debastado pero con vida y a unos humanoides denominados Proxys que pueden ser la salvación del mundo.

10 años después de la guerra burbuja, la barrera entre los ricos y los pobres se ha vuelto más prominente, los ricos buscan satisfacer sus deseos y obtener el placer y como resultado Tokio se ha convertido en una ciudad materializada, donde el que tiene dinero consigue lo que quiere. Saiga, un fotografo que estuvo en la guerra burbuja, trabaja en la investigación del club Roppongi, un club secreto de miembros muy selectos entre los más ricos, el cual se encarga de satisfacer cualquier deseo de sus asociados sin importar que sea ilegal, cuando Saiga logra infiltrarse en las instalaciones del club ve que se lleva a cabo un ritual, alli encuentra a una chica llamada Kagura, pero Saiga es descubierto y es llevado ante Kagura para ser sacrificado, pero ella le transfiere a Saiga un poder extraño que hace explotar todo lo que fotografíe.

La Humanidad perdió dos terceras partes de su población debido a un desastre natural: el hielo del continente Antártico se derritió y apareció la Atlántida, la civilización desaparecida hace 12.000 años. Debido a esto, revivieron los Ángeles Caídos, una raza de seres alados que envían unas armas biomecánicas conocidas como Bestias Míticas a las ciudades para capturar a la gente y extraer la energía biológica Prana. Los humanos excavaban en las profundidades del océano para encontrar las Máquinas Vectoriales (Vectores), unas armas que se decía que eran capaces de vencer a los Ángeles Caídos. Estas máquinas se combinan y forman el Ángel Aquarion Mecánico. Para pilotar el Aquarion hace falta una persona con la habilidad Elemento compatible con el sistema; por eso se reunió a adolescentes candidatos a ser pilotos. Por fin, llegó el día en el que el Ángel Aquarion Mecánico apareció.

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.

Ya han pasado unos años desde la explosión en la "Puerta del Cielo", fue el mayor desastre conocido por la humanidad. En referencia a la fecha en la que ocurrió (10-10), el suceso fue llamado "Twin X", desde entonces, un extraño cambio en el magnetismo de la Tierra hizo que dejaran de funcionar todos los aparatos electrónicos.

La historia comienza cuando Mithril, una organización de mercenarios que existe para mantener la paz mundial, se entera que una estudiante japonesa de nombre Kaname Chidori es el próximo blanco de la KGB (una de tantas organizaciones terroristas que la quieren capturar), ya que la han identificado como una posible "whispered". Entonces mandan un escudaron para protegerla, siendo el más competente Sagara Sousuke. Es entonces cuando la historia se torna cómica cuando el joven soldado Sagara interactúa con gente civil y normal, claro sin olvidarse de la trama y los enfrentamientos que suceden entre Mithril y sus misteriosos enemigos.

Muchos años han pasado en el planeta Zi desde la destrucción del Death Saurer y los Zoids ya no son armas de guerra. En lugar de eso ahora existe una organización que regula el nuevo deporte del planeta, las batallas Z. Un muchacho llamado Bith Clode se involucra por accidente con el equipo de guerreros Z del doctor Toros y encuentra que el es la única persona capás de manejar al único y sumamente poderoso Liger Zero y la historia se desarrollará en torno a como Bith y su Zoid logran convertirse en querreros legendarios.