Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.
La historia sigue a Utsutsu y Yume Hasegawa, un muchacho y su hermana pequeña que se encuentran completamente solos. Un día, Yume ve una misteriosa mariposa roja y su cuerpo sufre una extraña metamorfosis, convirtiéndose en una criatura que devora humanos. Utsutsu luchará por encontrar la manera de devolver a su hermana a su verdadera forma, aunque, como las células de el se regeneran a gran velocidad, se dejara comer poco a poco por su hermana para mantenerla con vida.
La historia gira en torno a Kazama Kenji, quien le gusta creer que es un gran delincuente, algo en que los demás parecen estar de acuerdo, cuando en realidad, es una persona de un muy buen corazón. Su vida sería la de un "delincuente normal" de no ser porque se encontró con el llamado "Club de creación de juegos", que preside una chica llamada Ruka Shibasaki y al que también asisten la presidenta del consejo estudiantil Chitose Karasuyama, Sakura Mizukami de primer año y cuya consejera es la profesora de segundo Minami Osawa, quienes lo obligaran a unirse a un club. A partir de ahí, su vida de estudiante delincuente cambiara a la de un estudiante con eventos aún más escandalosos.
Durante el siglo 20, junto con los avances tecnológicos, los científicos fueron capaces de desarrollar magia sofisticada. La combinación entre la ciencia y la hechicería dan como resultado el Machinart, circuitos elaborados a partir de hechizos que se colocan en objetos para darles vida e incluso personalidad. Fue desarrollado como un arma militar y ahora se ha extendido por todo el mundo. Raishin Akabane es el protagonista de esta historia, un joven titiritero japones que viaja hacia la Real Academia de Machinart de Inglaterra, Walpurgis, para estudiar en ella. Acompañado por la bella adolescente Yaya, quien es en realidad una autómata especializada en el combate cuerpo a cuerpo creada por el propio Raishin, planea alzarse como el mejor estudiante de su clase. En la Academia, hay un torneo de combate exclusivo a los mejores 100 estudiantes y sus autómatas, para decidir a quién se le otorga el título de Sabio, el más grande titiritero.
Hace mucho tiempo, toda la humanidad vivió una vez en el mar. Sin embargo, el mundo es ahora el hogar de dos tipos de personas: los que optaron por abandonar el mar, deshaciéndose de la ropa especial brindada por el Dios del mar, y aquellos que optaron por quedarse. Los pensamientos entre las personas del mar y las personas de la tierra se volvieron tan distantes como los sitios en donde vivían, y deteriorados por el incontable paso del tiempo, olvidaron que alguna vez fueron el mismo pueblo.
Una historia entre el mar y la tierra. Manaka Mukaido y Hikari Sakishima, residentes del mar, son amigos desde su infancia, quienes junto a sus amigos Chisaki Hiradaira y Kaname Isaki, decidirán asistir a una escuela en la tierra debido a problemas en su escuela del mar. Pero un encuentro especial, y una serie de acontecimientos, darán un giro en sus vidas.
Kuroki Tomoko es una chica de secundaria muy popular, ademas ha tenido 50 años de experiencia en citas con alrededor de 100 chicos... bueno, eso solo en un mundo virtual llamado Otome. En la vida real, ella es una chica de 15 años que tiene todas las cualidades de una "mojo" (una mujer sombria o impopular). Sin embargo, cuando la escuela no está saliendo como ella esperaba, y no es tan popular como ella pensaba que era, se echa un vistazo a sí misma en el espejo por primera vez en unos cuantos años y tiene algunas revelaciones impactantes...
La historia se centra en una escuela privada donde el consejo estudiantil se elige meramente por popularidad. Dentro del consejo elegido se encuentra Ken Sugisaki quién es el único hombre entre todas las demás miembros bishoujo del consejo, que tienen el derecho de entrar al "santuario sagrado" donde tienen sus reuniones, ahí Ken se encarga de tomar las minutas de las reuniones dirigidas por la presidenta del consejo Kurimu Sakurano, que van desde las vidas hasta los intereses de los estudiantes.
Kouseka Junpei es un chico que un día por accidente rompe sin querer una estatua de un gato sagrado, y por esta razón queda maldito, ahora él puede entender y hablar el lenguaje de los gatos y muy pronto se convertirá en uno; a no ser que salve 100 gatos, entonces se romperá la maldición. Junpei es alérgico a los gatos y le dan ataques de estornudos cada vez que esta cerca de ellos, así que romper la maldiciòn es algo difícil de hacer para él, ademàs esta enamorado de una compañera de clases llamada Kaede Mizuno quien es fanática de los gatos, a lo largo de la historia se encontrará con muchas personas relacionadas con gatos de una u otra forma, pues inclusive su mamá y hermana adoran los gatos.
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
Esta historia tiene lugar antes de la temporada anterior, cuando Phoron y el resto todavía están estudiando en la Academia Commandia. La historia gira en torno a las cuatro inmensas "Gakkis Sousei" que se utilizan para la creación del mundo.
En Japón existen unas criaturas que no toleran la luz del sol y por ello se les conoce como Yakas (criaturas de la oscuridad). Morimiya Yorito es un estudiante de preparatoria, aficionado a fotografiar el cielo. Un día, cuando Yorito va a fotografiar el amanecer, se encuentra a una extraña chica, golpeando una máquina de bebidas y Yorito decide ayudarla. Al pasar este acontecimiento, cuando se decide a fotografiar el amanecer ella desaparece sin decir una palabra, lo cual deja consternado a Yorito, ya que ignora la existencia de los Yakas.
Kenichi Shirahama es un estudiante sin mucha popularidad ni amigos, todos le tratan como un cobarde y todos los días es sometido por los abusadores de su escuela. Un día conoce a Miu Furingi y descubre que es una luchadora excelente de artes marciales y que lo usa para defender a los débiles. Así es como Kenichi Shirahama decide convertirse en un luchador muy fuerte para poder proteger a la gente que le importa.Empezará a entrenar en una misteriosa escuela de artes marciales con 5 maestros muy especiales . Aquí comienza la aventura de Kenichi Shirahama, para hacerse el discipulo mas fuerte y luchar contra las bandas de matones de su cuidad.
La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen se convierte en miembro de la Orden Negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio, una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad, haciendo uso de sus armas llamadas Akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada en el pasado. Se dice que hay 109 trozos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la Inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-Akuma. Esto se convierte en una carrera entre la Orden Negra y el Conde del milenio y sus aliados por conseguir la Inocencia.
Takahashi Nanami (Nana-chan) es una joven novata que a su inicio de clase aspira conocer nuevos amigos. Sin embargo, junto a ella esta Yano Motoharu, un chico popular de la clase del cual dos tercio de las chicas dicen gustarle. Aunque al principio Nana-chan no muestra empatía con él, poco a poco se van compenetrando hasta lograr una relación. No obstante, Yano guarda un penoso pasado donde su ex-novia Nana-san (Yamamoto Nana) muere en un accidente al lado de su ex-novio. Este episodio ha marcado su vida, aunque el no lo demuestre abiertamente y trate de ocultarlo tras el rencor y el resentimiento. La mayor prueba de su amor será superar la sombra dejada tras el fantasma de Nana-san.
Samatarou Kamiyama es el hijo de un dios que debe convivir con los humanos con su familia para aprender todo sobre ellos, y asi, convertirse en un mejor dios cuando tenga que suceder a su padre. Ademas de sus padres Osamu Kamiyama y Venus Kamiyama y hermanas Misa Kamiyama y Meme Kamiyama, Samatarou vive con su mejor amiga y angel guardian Tenko. Un dia Samatarou conoce y se enamora de Kumiko Komori, la nueva alumna, y decide lograr que sea su novia sin la ayuda de ningun poder celestial. Obviamente su familia trata siempre de entrometerse creando situaciones muy divertidas.
Karin Maaka es una adolescente que vive en el Japón actual con su familia. Aunque parece una chica normal, guarda el secreto de ser descendiente de una larga estirpe de vampiros que emigró al país. La muchacha no sólo forma parte de un grupo rechazado socialmente sino que ella también lo es entre sus pares por no ser una "vampiresa normal", debido a que no necesita beber sangre, soporta el sol, no le gusta la oscuridad, y especialmente porque debe morder de vez en cuando a los humanos para inyectarles la sangre demás que produce.
Sakai Yuuji, estudiante de secundaria del instituto Misaki, quien llevaba una vida normal, se ve en serios aprietos cuando se ve atrapado en una batalla contra un "Guze no Tomogara", seres devoradores de almas, sin embargo es salvado dramáticamente por una "Neblina de Llama" llamada "La cazadora de ojos y pelo ardientes" que le cambia por completo su vida cuando el chico se entera que ya había muerto? su "yo" ya había sido devorado, que él era una "antorcha", los restos de su alma, y que iba a desaparecer sin dejar rastro. En ese momento entabla una complicada relación con aquella chica a quien él osadamente llamó Shana. Ella se ve obligada a proteger al chico cuando se enteran que éste es un "Mistes", una "antorcha" única que encierra un tesoro en su interior, de ahí comienza una difícil batalla contra los "Guze no Tomogara" por proteger el tesoro que carga Yuuji y la ciudad en la que todos viven de una devastación casi inminente, mientras tanto Shana no sabe como arreglárselas para encajar en la vida del estudiante de secundaria...
Kosuke Ueki, un chico normal que vive en Japón, vive una vida normal, amigos normales... pero él se siente diferente. Un día, un nuevo profesor, el profesor Kobayashi, se interesa en Ueki tras saber que él lo que más desea es justicia en el mundo.
Tras esto, le revela a Ueki su verdadera identidad; Kobayashi es un candidato a Dios Supremo, y para conseguir el puesto, debe elegir a un chico para que le represente como tal en un torneo donde todos los chicos elegidos por los candidatos a Dios deberán enfrentarse.
Así, el profe Koba le da a Ueki el poder de convertir la basura en árboles, con el que deberá luchar y saber usar inteligentemente. Y así, fue como comenzó la nueva vida de Ueki...