En el continente de Patria encontramos la nación democrática de Patria. Debido a disputas económicas, el país ahora está dividido en la Unión de Patria al norte y la Confederación de Patria al sur, dos bandos enzarzados en una ya demasiado larga guerra civil. Cuando el norte comienza a perder tropas y a verse en desventaja su solución es utilizar tecnología prohibida para acabar de una vez por todas con el sur. Esta tecnología convierte a los humanos en una especie de soldados-monstruos que les otorga poderes casi divinos… y con esos poderes, la guerra llegó a su fin.

El primer juego está ambientado en la era Taisho, a principios del siglo XX. Para proteger a su familia, una chica decide casarse con un hombre cuyo nombre ni siquiera conoce. Sin embargo, antes de que pueda hacerlo, su hermano pequeño se suicida en un fuego misterioso, portando un enigmático libro en la mano. La Agencia de Tratamiento de Recursos de la Información de la Biblioteca Imperial (conocida también como Fukuro) aparece frente a la chica. Según esta organización, existen libros llamados Maremono que ejercen una gran influencia en aquellas personas que los leen. Además, la chica ha conseguido la habilidad de ver un Aura debido al incidente de su hermano. A pesar de su confusión, la protagonista decide abandonar la jaula que era su vida anterior.

Nadeshiko es una estudiante de preparatoria que se ha mudado de Shizuoka a Yamanashi y que decide ir a ver el famoso Monte Fuji que aparece en los billetes de mil yenes. Aunque consigue llegar en bicicleta hasta Motosu, se ve obligada a volver atrás debido al mal tiempo. Habiendo sido incapaz de poder ver con sus propios ojos su objetivo, acaba desmayándose. Cuando despierta ya es de noche y está en un sitio que no reconoce y no sabe cómo regresar a casa. Por suerte Nadeshiko se encuentra con Rin, una chica que está acampando ella sola y quien la salva.