En un futuro lejano, ha nacido una nueva forma de vida bautizada como ‘houseki’ (“gemas”). Las 28 houseki, con diferentes cometidos como guerrero o médico, deben luchar contra los ‘tsukijin’ (“gente de la Luna”), que tienen como objetivo convertirlas en objetos decorativos. A pesar de su deseo de combatir a los tsukijin, Phos es una houseki sin ocupación hasta que Kongo, el jefe de las muchachas, le encarga editar una revista sobre historia natural.

La protagonista de esta historia es Akko Kagari, una chica normal y corriente que tiene una meta en la vida: llegar a ser como la bruja Shiny Chariot. Para ello se inscribirá en la academia de jóvenes brujas Luna Nova, donde conocerá a otras chicas que se instruyen en el campo de la brujería. Sin embargo, allí aprenderá que Shiny Chariot no es tan respetada como ella pensaba.