Hace mucho tiempo, Haruka Haruno conoció a un extraño muchacho llamado Kanata. Él le dio una extraña llave y ella le prometió que nunca renunciará a su sueño. Unos años más tarde, Haruka, ahora a la edad de 13 años, asiste a la Academia de Nobles, un internado para niñas y niños. Pero incluso ahora, ella conserva su sueño de convertirse en una princesa, como la de sus preciosos libros ilustrados. Un día, se encontró con dos pequeñas hadas del Reino Hope, Pafu y Aroma, quienes fueron perseguidas por extraños monstruos. Las hadas le dijeron que ellas fueron creadas por una bruja que convierte los sueños en desesperación y los encierra lejos, en la Puerta de la Desesperación. Sin otra opción, las hadas le dieron a Haruka un perfume Princess, con el cual ella podrá convertirse en Cure Flora, una Pretty Cure con el poder para oponerse a la bruja oscura. Con la ayuda de Minami Kaido (Cure Mermaid) y Kirara Amanogawa (Cure Twinkle), formarán el equipo Princess Pretty Cure con el fin de recolectar las Dress-Up Keys para abrir la Puerta de los Sueños y proteger los sueños de la gente de la desesperación.

Alrededor de todo el mundo, las precure han estado luchando contra enemigos llamados Saiark. Shirayuki Hime, la princesa del reino Blue Sky es también una precure, pero, incapaz de derrotar a ningún enemigo, se ha quedado muy atrás con respecto a las otras. Entonces, en su busqueda de una compañera, conoce a Aino Megumi (Cure Lovely) y empiezan a luchar juntas contra los enemigos. Sabiendo que reuninedo todas las PreCards, se te puede conceder un deseo, el equipo junto con la Hada Ribbon emprenden su lucha para conceder ese deseo.

El reino de las Cartas es atacado por el grupo Egocéntrico (o Selfish). Su rey, el King Jikochu hace que la gente se convierta en monstruos para destruir la ciudad, pero una pretty cure, Cure Sword, hará todo lo posible para defender su reino, lo cual no puede, entonces decide huir a la ciudad de Clover, pero sus enemigos la persiguen y cuando Sword está a punto de ser derrotada, aparece Cure Heart para salvarla a ella. Ahora, Cure Sword, con la ayuda de otras tres pretty cure: Heart, Diamond y Rosetta tendrán que vencer al Rey Jikochu, buscar a la princesa de dicho reino y volver a restaurar el Reino de las Cartas.

Esta vez nos centramos en Hoshizora Miyuki, una activa chica de 14 años que ama leer libros, mientras Miyuki iba de camino al colegio, un hada llamada Candy baja del cielo diciendo que tiene que encontrar rápidamente a las Legendarias Guerreras Precure y reunir los Cure Decor para poder salvar su tierra natal, Marchen Land, de las garras del malvado emperador de la oscuridad, Pierrot, Miyuki se deberá transformar en Precure, convatir a terribles monstruos y encontrar a sus cuatro compañeras restantes.

Hibiki y Kanade son dos amigas que crecieron juntas en Ciudad Kanon. Diferentes en sus personalidades, comparten una cosa en común: El amor por la música. No importa lo diferentes que son o cuántas son sus diferencias a causa de sus disputas, las dos siguen compartiendo corazones llenos de amor. Un día conocen a Hummy, que es enviado al mundo humano para buscar el nuevo Precure lo bastante fuerte para recoger las notas de la melodía de la felicidad las cuales están dispersas. Ellas tienen que transformarse instantáneamente para resistir las amenazas y la música del mal de Mephisto. Veran si pueden detener la melodía del dolor, la cual interrumpe su tranquilo pueblo.

Cure Moonlight está tratando de proteger un árbol, al parecer muy importante, pero Dark Precure se lo impide. La derrota de Cure Moonlight se acerca y le dice a Chipre y Coffret que busquen a las siguientes Precure. Mientres ellos huyen a la tierra Dark precure derrota a Cure Moonlight. Tsubomi, una chica tímida y reservada despierta de la pesadilla a causa de la derrota de Cure Moonlight. En su nueva escuela conoce a Erika, una chica hiperactiva y algo gritona. Ambas se transformarán en Cure Boosom y Cure Marine.

Después de miles de años escondiéndose, Mina Tepes, la Princesa y gobernadora de todos los vampiros, quiere un cambio. Usando la amplia fortuna del linaje Tepes, ella ha pagado todo la deuda nacional de Japón y al hacerlo, ha ganado la autoridad para crear un ¨distrito especial¨ en la costa de Japón, el cual se convertirá en un futuro reino donde todos los vampiros del mundo puedan vivir. Sin embargo los humanos no estarán de acuerdo con este cambio, esto podria traer como consecuencia algunos enfrentamientos, tanto entre humanos como entre vampiros.

Love está organizando, junto con Setsuna, una pijamada en su casa. Mientras las cuatro amigas están disfrutando de una agradable noche, los juguetes de todas partes están desapareciendo. Para resolver el misterio, el conejo de juguete de Love se aparece con vida, diciendo que en la Ciudad de los juguetes se están reuniendo los juguetes desaparecidos. por un extraño ser, un oso gigante. Las cuatro pretty cure ahora deberán vencer al enemigo para salvar la Ciudad de los Juguetes y devolver a sus dueños los juguetes robados.

Love Momozono es una hiperactiva y alegre estudiante de secundaria que adora bailar. Gracias a que su madre le regala un boleto para su grupo de baile favorito, el trío Trinity tiene la oportunidad de ver a su bailarina favorita cerca. Mientras el trío hace su presentación una extraña criatura llamada nakewamaker empieza a atacar a las personas. Quien controla al mounstro se presenta como Eas. Gracias a una llave llamada Pikrun Love se transforma en Cure Peach y vence al Nakewamaker. De ahí en adelante Love tendrá que luchar contra la organización Laberinto cuyo objetivo principal es acumular la tristeza de las personas para revivir a su líder. Love contará con la ayuda de sus amigas, Miki, Cure berry e Inori, Cure Pine

En el Mundo de los Muertos, los altos cargos portan armas llamadas "Guadañas Mortales". Éstas se consiguen cuando el alma de una Guadaña (creada por un Técnico especialista) consigue comerse 99 almas humano-demonio y 1 alma de bruja. Pero la vida no siempre es fácil, ni para Técnicos ni para Guadañas, y puede costar trabajo llegar a ser una "Guadaña Mortal". Soul y Maka son los protagonistas de este anime (Soul el arma y Maka el técnico) junto con Black Star y su arma Tsubaki, y Death the Kid con las hermanas Thompson como armas (pistolas).

Despues de un tiempo Coco, Natts, Nozomi y todas las Pretty Cure vuelven a involucrarse en sucesos raros, esta vez con una organización llamada Eternal la cual roba los tesoros de los mundos, y quiere entrar en el Jardín Cure Rose, para lo cual necesita el Rose Pact, ademas del poder de los cuatro reyes de los reinos que rodeaban al Reino de Palmier. Nuevamente los reinos son atacados por la gente de Eternal, sin embargo los cuatro reyes logran escapar a la Tierra en formas de Palmin los cuales tienen que encontrar .Mientras tanto, Flora, guardiana del Jardín, contacto con las Pretty Cure,enconmendandoles el Rose Pact. Además una semilla de la rosa azul florece y le da poder a Milk a transformarse en una guerrera Pretty Cure llamada Milky Rose.

Nozomi Yumehara va camino de la parada del autobús cuando de repente ve una mariposa. Decide seguirla y entonces se tropieza con un chico. Se disculpa y se va corriendo. Más tarde, en el colegio, se vuelve a encontrar con ese chico, que se transforma en su verdadera forma. Éste dice llamarse Coco y le cuenta que para salvar su mundo, la Tierra de las Fuentes de los Nightmares, necesita el poder de 5 Pretty Cures para encontrar a los 55 Pinkies y completar el Dream Collet, en el que está encerrado su amigo Nueces y sólo saldrá cuando se descubran a las 5 Pretty Cure.

En el camino a un concurso de canto, Mai y Saki conocen a un hombre misterioso que buscan el reloj más antiguo de la ciudad. Resulta que este reloj es un portal a la aldea de los relojes, y el hombre misterioso es un guerrero del hueco de la oscuridad que quiere detener el tiempo para destruir el mundo. Con la ayuda de los espíritus de los relojes, Las Pretty Cure deben luchar para escapar de su laberinto perfecto y hace que el tiempo fluya nuevamente. Tiene lugar durante la segunda mitad de Futari wa Pretty Cure Splash Star ?.

Saki Hyuuga y Mai Misho son adolescentes normales hasta que, se presentan delante de ellas, Flappy y Choppy, seres de La aldea de los manantiales, que les dan el poder para transformarse en Cure Bloom y Cure Egret y también se hacen amigas. Los malvados del Hueco de la oscuridad, buscan el último de los manantiales de La Aldea de los Manantiales, es decir, El manantial del Sol, el cual alimenta al Arbol Mundial; la fuente de vida de todos los mundos. Las Pretty Cure deben protegerlo por el bien del mundo.

En esta segunda parte de Pretty Cure, la Reina decide convertirse en su forma original, pero su hesencia se divide en varias partes, las cuales son: Doce Hartiels (los deseos de la Reina) la resurrecion de voluntad, y la vida de la Reina. Pero por desgracia el Rey Haaku también obtiene una Vida. La Vida de la Reina es una niña llamada Hikari Kujou, que estudia primer curso, a la cual Akane encontro cerca del Takko Caffe y, ahora, trabajan juntas. Hikari se convierte en una Pretty Cure gracias a Porun, y su nombre es Shiny Luminosa, más tarde encuentra a Lulum, que le da mas poder. Para Shiny Luminosa es imposible atacar, solo puede aumentar el poder de Cure Black y Cure White con su Batuta Corazón. Las Pretty Cure intentan reunir todos los Hartiels para que Hikari vuelva a ser la Reina, y todo vuelva a ser como antes.

La historia gira alrededor de dos muchachas, Nagisa Misumi y Honoka Yukishiro, que luchan contra La Zona Dotsuku - una dimensión malvada que usurpó en el Jardín de la Luz. Las acciones de La Zona Dotsuku hicieron necesaria la fuga de dos guardianes del Jardín de la Luz, unas criaturas llamadas Mipple y Mepple. Ellos sirven como fuente de información para la serie, y generalmente se encuentran dentro de los dispositivos de transformación de las chicas, que son parecidos a teléfonos móviles. Durante cortos períodos de tiempo pueden transformarse en sus verdaderos cuerpos e interactuar con los demás. Inicialmente los tienen Cure White y Cure Black mientras buscan las Piedras Prisma, que colocan en un dispositivo conocido como Corazón de Prismas. El Corazón de Prismas es protegido por el Guardián, Wisdom. Una vez descubren todas las Piedras Prisma, su poder las lleva al Jardín de la Luz y repara la mayor parte del daño hecho por La Zona Dotsuku.

Maron Kusakabe es una chica normal en apariencia... Pero la realidad es que convive con un ángel y es capaz de transformarse en Jeanne (la reencarnación de Jeanne d'Arc), una ladrona de guante blanco buscada por la policía. Su misión es impedir en nombre de Dios que el Rey de los demonios robe energía vital de los corazones humanos: cuando alguien compra un cuadro en el que se aloja un diablo, éste posee a la persona y roba su energía vital. Jeanne debe clavar una chincheta en el cuadro y, tras decir Jaque Mate, el demonio queda atrapado en una pieza de ajedrez blanca (peones blancos), volviendo así la persona a la normalidad.