La historia está protagonizada por un estudiante de instituto que es raptado por toda una señorita rica como “muestra de la gente corriente”. Será así como entrará en un mundo lleno de chicas de la élite prácticamente aisladas del mundo real.
La serie toma lugar en una preparatoria privada que involucra el concepto de “salvadores (shirogane)”. Ellos son conocidos como gente que posee recuerdos vivos de sus vidas pasadas. La historia cuenta sobre un joven llamado Moroha Haimura que viene a esta escuela. En la escuela, hay dos tipos de persona: Shirogane, quienes luchan contra los enemigos con armas y técnicas obtenidas de los poderes Puraana de sus propios cuerpos, y Kuroma, quienes eliminan a los enemigos con magia para manipular los poderes Maana que sobrepasan la física. Moroha Haimura es el primer individuo cuyas vidas pasadas eran Shirogane y Kuroma.
La historia está protagonizada por Kanade Amakusa, un muchacho maldito con un poder llamado “Elección Absoluta”. De repente aparece en su mente un cuestionario con dos opciones, debiendo escoger una y haciéndose realidad por ridícula que esta sea. Por ejemplo, le puede tocar escoger entre ir desnudo de cintura para abajo o desnudo de cintura para arriba a clase. En una ocasión llega a clase, le toca escoger nuevamente ente: "una preciosa chica cae ante él o es él el que se cae desde la azotea vestido de mujer". Evidentemente escoge la primera opción, y así una chica rubia llamada Chocolat cae ante él.
Ya a pasado un tiempo desde que los árboles de cerezo dejaron de florecer, y la isla es ahora normal. Yoshino Kiyotaka, es un estudiante que está inscrito en el club de periodismo junto con su sempai (y presidenta del club), su amiga de la infancia Katsuragi Himeno, su prima Yoshino Charles, su esforzada y trabajadora Kouhai Rukawa Sara y la enérgica pero débil Hinamoto Aoi. Todo en el club es normalidad, hasta un día de invierno donde los cerezos comienzan a florecer, es ahí cuando a varios estudiantes les llega un e-mail que dice: Si los árboles de cerezo comienzan a florecer en el lugar prometido? con fecha 1951.
Shougo Mikadono, hijo de un magnate empresarial fallecido. Como última voluntad, el padre de Shougo le puso una condición al muchacho para heredar toda su fortuna: que encontrase pareja en el instituto. Mikadono entonces entra en un nuevo instituto con la intención de cumplir dicha condición, aunque por el camino descubre que tiene una hermana gemela de la que le separaron al nacer. Shougo no tiene ni idea de cómo es su hermana, pero resulta que la muchacha va al mismo instituto al que él se ha apuntado.
Un estudiante promedio del instituto, llamado Haruaki Yachi recibe un paquete misterioso y pesado de su padre en el extranjero. Esa noche a Haruaki lo despierta un sonido proveniente de la cocina donde encuentra a una chica desnuda robandole comida. El susto que se lleva Haruaki por esta chica es el primero de muchos que están por venir.
Akiharu Hino es un joven que es enviado a una escuela para mayordomos y sirvientas. En la escuela le ocurren diferentes cosas que lo hacen ver como un pervertido. Además de su reencuentro con su amiga de la infancia, Tomomi Saikyo, quien tratará de hacer su vida imposible.