Nadeshiko es una estudiante de preparatoria que se ha mudado de Shizuoka a Yamanashi y que decide ir a ver el famoso Monte Fuji que aparece en los billetes de mil yenes. Aunque consigue llegar en bicicleta hasta Motosu, se ve obligada a volver atrás debido al mal tiempo. Habiendo sido incapaz de poder ver con sus propios ojos su objetivo, acaba desmayándose. Cuando despierta ya es de noche y está en un sitio que no reconoce y no sabe cómo regresar a casa. Por suerte Nadeshiko se encuentra con Rin, una chica que está acampando ella sola y quien la salva.

Es el otoño del 2046, Haruyuki es un estudiante de secundaria que es acosado por sus compañeros. Un día, un encuentro con Kuroyukihime, la chica más guapa de toda la escuela, le cambia la vida. A través de un programa que la chica le da a Haruyuki, este descubre la existencia del mundo virtual "Accel World". Ahora el último mono de la escuela será el "Burst Linker", un caballero que habrá de defender a una princesa.

Existe un mundo después de la muerte, en donde las almas de las personas cuya vida fue injusta, tienen una segunda oportunidad de alcanzar la paz, y así volver a nacer. Pero la verdad es que nadie sabe muy bien como funciona este lugar donde no existen las enfermedades y no se puede morir (al menos de la forma que nosotros entendemos como muerte). Debido a la confusión se crean 2 bandos en conflicto: el Shinda Sekai Sensen (SSS), que lucha contra las intenciones de Dios por la vida injusta que les designó; y el bando formado por Tenshi (Ángel), cuyo único interés es que las demás personas se realicen y puedan renacer. En este mundo aparece nuestro protagonista, Otonashi, quien sin recuerdos de su vida anterior, se embarca en una aventura donde forja amistades profundas. Poco a poco recobra su memoria y ayuda a resolver los dilemas de las personas en este mundo.

En la era Edo, donde Yasuri Shichika es la séptima cabeza de la escuela de las artes marciales de la espada japonesa, Kyotou, que vive en isla Fushou con su hermana Nanami. Con la orden de la directora general Togame, ellos emprenden un viaje para recoger las doce atesoradas espadas creadas por un legendario forjador de espadas llamado Shikizaki Kiki.

Naota es un chico normal y corriente de sexto curso que vive con su padre y su abuelo. Su monótona vida en la ciudad de Mabase se ve bruscamente interrumpida cuando una desconocida chica lo atropella con su Vespa. Su vida se convertirá en una auténtica locura cuando comiencen a salirle robots de la cabeza y deba luchar para salvar la Tierra.

Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.