Azuma Akira regresa a Japón tras haber estado fuera diez años solo para que un grupo de extraños armados le ataquen y lo capturen. Sin embargo, una amiga de su infancia, Ogon Asabuki, lo salva gracias al Bubuki que se ha convertido en su mano derecha.

En el año 2041, un objeto desconocido procedente del enemigo aparece de repente en el Sistema Solar. Es un enemigo llamado Zerabaia. Destruyendo las bases de todos los planetas que encuentra a su paso, esta cruel arma se acerca más y más a la Tierra. Pero, esta invasión de la Tierra estaba ya prevista... Preparado secretamente para la batalla, un hombre llamado Kurain Sandoman está al mando del ejército Aasu Garutsu para contraatacar. Y su baza se llama "Gravion", un mecha con forma humanoide fabricado para unirse a otras enormes unidades llamadas GD.

La historia comienza con la llegada, en el año 1999, de una nave alienígena, que luego de un violento ingreso atmosférico, cae sobre la isla de Ataria Sur, en el Océano Pacífico. Después de una investigación inicial y debido a lo descubierto en la nave, una coalición internacional de países, conocida como United Nations Goverment (UN), inicia un proyecto armamentístico en el que se incluye la restauración e investigación de la tecnología hallada en la nave bautizada previamente como ASS-1 (Alien Star Ship-1) y que posteriormente después de su restauración sería rebautizada como SDF-1 Macross. En 2009, durante la ceremonia de finalización del proyecto se produce la llegada de los Zentradi, raza alienígena de gigantes similares en su aspecto a los humanos pero con una sociedad basada totalmente en la guerra. La nave restaurada bautizada con el nombre de SDF-1 Macross se enciende sola y dispara contra las naves que se aproximan...