En el año 2015, el mundo está al borde de su destrucción. La última esperanza de la humanidad reside en las manos de NERV, una agencia especial bajo el mando de las Naciones Unidas, y sus Evangelions, unos robots gigantes capaces de derrotar a los Ángeles que anuncian la ruina de la Tierra. Gendou Ikari, jefe de la organización, busca pilotos compatibles que puedan sincronizarse con los Evangelions y sacar su verdadero potencial. - KUDASAI
Bajo el constante ataque de los Angeles, NERV introduce dos nuevos pilotos: la misteriosa Makinami Mari Illustrious, y a la intensa Asuka Langley Shikinami. Paralelamente, Gendo Ikari y SEELE proceden con el proyecto secreto que involucra tanto a Rei como a Shinji. You Can (Not) Advance comienza con el ataque del Tercer Ángel y la aparición de una nueva piloto con el EVA-05, mientras Asuka llega a Tokio-3 con el EVA-02 durante el ataque del Séptimo Ángel. Mientras avanza, la película vuelve a mostrarnos los clásicos conflictos emocionales de la serie, añadiendo nuevas escenas y mejor animación, con un final apocalíptico sorprendente.
El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokio-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (Supremo Comandante de NERV), con la amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 para luchar contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.
Es la primera película de la serie de televisión Neon Genesis Evangelion. Consiste en dos partes: Death y Rebirth, Muerte y Renacimiento respectivamente. La primera parte, Death, consiste de una edición de 60 minutos sobre los primeros 24 episodios del programa de televisión, que incluye varias escenas inéditas. La segunda parte, Rebirth, consiste en una historia y animación completamente nuevas, ubicadas inmediatamente después del episodio 24. Debido a falta de tiempo, esta parte no fue terminada completamente al momento del lanzamiento, y sólo los primeros 27 minutos de un total de 40 fueron estrenados. Cuatro meses más tarde, The End of Evangelion, la segunda película de Evangelion presentó la animación completa, que recibió el nombre Air (Episodio 25).