Komichi Akebi está en su primer año de preparatoria y hay una sola cosa que le ha robado el corazón: el uniforme de marinerito de la Academia Privada Robai. Según se acerca esta nueva fase de su vida, sueña con todas las nuevas y emocionantes experiencias que podrá vivir: almuerzos en clase, las propias clases, actividades del club, y por supuesto, ¡hacer amistades! Ahora que se ha puesto su ropa favorita, Komichi se siente preparada para cualquier cosa.

En una calle desierta de algún rincó de Kioto se encuentra un pub de estilo japonés llamado "Izakaya Nobu". Pero esta pequeña ratonera guarda cierto secreto: su entrada está misteriosamente conectada a otro mundo. El jefe Nobuyuki Yazawa y su empleada, Shinobu Senke, han decidido abrir un negocio en esta distante y extraña tierra, una antigua ciudad conocida como "Aitheria". Guardas de palacio, artesanos, mercaderes, nobles de alta cuna... Las puertas del Nobu están abiertas para todos, ofreciendo un plato caliente y una cerveza bien fría a todo aquel que las atraviese.

Cuando era un niño, Murakami estaba enamorado de una chica que llamó Kuroneko. Ella insistió en saber acerca de los extraterrestres y que se reunió con ellos, pero nadie le creyó, incluso el joven Murakami se mostró escéptico. Un día, ella decide mostrarle a los extraterrestres, hasta que se produce un accidente y muere mientras Kuroneko Murakami se queda gravemente herido en el hospital. Pasan los años y Murakami se obsesiona en la búsqueda de pruebas de la existencia de los extraterrestres debido a una promesa que había hecho con Kuroneko. Entonces, un día, una nueva estudiante llega a su clase, que se parece mucho a Kuroneko, pero su nombre es Kuroha Neko!

Kenji Masaki, un muchacho de 15 años, es invocado a un mundo llamado Gemiar, el cual es un lugar en donde han existido peleas interminables contra replicas de armas llamadas Seikishi (humanoides), encontrados en antiguas ruinas.