La historia gira en torno a Hiraga Josef Kou, un genio científico, y Robert Nicholas, experto en criptoanálisis y archivos. Ambos trabajan juntos y son conocidos como los “investigadores de milagros” del Vaticano, viajando por todo el mundo para investigar la autenticidad de los supuestos milagros que ocurren.

La historia gira en torno a un jugador de fútbol guapo, joven e inteligente llamado Aoyama que representa a Japón. Su estilo de juego es “Limpio”. Él no choca con los demás y no remata de cabeza. Solo sacará utilizando las manos si lleva puestos unos guantes.

Es el año 2205, en donde los historiadores alternos están atacando el pasado para cambiar la historia. El sabio Saniwa tiene la misión de proteger la historia, y para esto ha juntado a los tipos de Tsukumogami más fuertes (objetos inanimados habitados por espíritus) llamados Touken Danshi (Guerreros espadachines).