Extraños asesinatos se están sucediendo uno tras otro en Tokyo. Debido a las pruebas encontradas en las escenas, la policía concluye que los ataques son obra de ghouls que se comen a las personas. Kaneki y Hide, dos compañeros de clase, llegan a la conclusión de que si nadie ha visto nunca a esos necrófagos es porque toman la apariencia de seres humanos para ocultarse. Poco sabían entonces de que su teoría sería más cierta de lo que pensaban cuando Kaneki es herido de gravedad por un monstruo y comienza a atraerle cada vez más la carne humana…

Un grupo de 15 estudiantes de secundaria que sobresalen en sus propios campos (ej:shaman, deportista, Idol) son invitados a la Academia Hope Peak, una secundaria que solo acepta lo mejor de lo mejor. Graduarse de esta academia significa éxito asegurado en la vida. Poco después de llegar, los estudiantes se ven atrapados en la escuela, con todas las entradas y ventanas selladas, por un sádico oso de peluche llamado "Monokuma", quien ha tomado control de las instalaciones y les da dos opciones a los estudiantes: 1) Vivir por el resto de sus vidas dentro de las paredes de la escuela, o, 2) intentar escapar de esta "graduándose". Para graduarse un estudiante tiene que realizar un "Asesinato perfecto", matando a uno de sus compañeros sin ser descubierto por el resto de los estudiantes. Si el culpable es descubierto, este será "castigado". Si se sale con la suya, el quedara en libertad y el resto de los estudiantes serán "castigados".

En un mundo al borde de la devastación, un científico y un grupo de niños deciden para salvar el mundo viajar en el tiempo, y por ello, Cuatro chicas de instituto viajan 6000 años hacia el futuro (desarollado en el anime), otros son enviados al pasado (desarollado en el manga), desde su presente (desarrollado en la novela) en el cual el mismo día es repetido sin parar, para evadir la extinción humana. Ellas han estudiado los viajes en el tiempo en la escuela, fueron examinadas con una prueba de aptitud, y fueron enviadas al futuro como quien dice. ¿Qué deberían hacer ahora? Ellas no tenían ni idea. La única cosa que ellas podían llevar consigo desde el presente era algo ligero, un teléfono móvil. Desde luego, no les funcionará en ese lugar al que se dirigen. Cuando las chicas andan, ellas ven extraños pájaros volar en el cielo, y un río descolorido en la distancia. Entonces, una de ellas encuentra una casa abandonada, y reconoce el nombre inscrito sobre las puertas delanteras.

Es el otoño del 2046, Haruyuki es un estudiante de secundaria que es acosado por sus compañeros. Un día, un encuentro con Kuroyukihime, la chica más guapa de toda la escuela, le cambia la vida. A través de un programa que la chica le da a Haruyuki, este descubre la existencia del mundo virtual "Accel World". Ahora el último mono de la escuela será el "Burst Linker", un caballero que habrá de defender a una princesa.

La Historia se centra en un estudiante de instituto llamado Takumi Nishijō, quien se ve envuelto en una sangrienta escena de un crimen de camino a casa, desde ese momento más eventos misteriosos comienzan a ocurrir, como otros asesinatos igual de sangrientos. Takumi comienza ha hacer frente a la realidad y a los "delirios" que experimenta para evitar ser atrapado por el autor de dichos crimenes.