El universo de Dies irae se basa en una historia alternativa a la que conocemos en la cual en 1945, la apunto de caer hegemonía nazi de Alemania da un último coletazo y varios militantes intentan realizar un peligroso ritual para revivir a “la Orden Longinus Dreizehn” pero nunca más se supo qué fue de ellos. Sin embargo, prometieron que algún día regresarían para acabar con el mundo. En el Japón de la actualidad, Fujii Ren, el protagonista, se recupera tras dos meses de hospitalización tras una pelea con su ex-mejor amigo, Shiro, quien lo traicionó, y ahora intenta recuperar la normalidad a su vida antes de que llegue la Navidad. Pero unas extrañas pesadillas que tiene sobre la Orden Longinus Dreizehn parecen estar relacionadas con el despertar de estos nazis desaparecidos que lo acabarán llevando a luchar en esta guerra por el fin del mundo.

Justicia Akazuka, apodado como Seigi, es un joven habilidoso en las artes marciales. Seigi rescata a un anciano sin hogar de unos matones, como agradecimiento imprime en la palma de la mano de Seigi un misterioso tatuaje en. Sin embargo, no es un tatuaje normal, es un arma especial que da Seigi poderes sobrenaturales, como la deformación del espacio-tiempo. Entonces Seigi conoce a un agente estadounidense llamada Ijii, cuyo deber es recuperar los diferentes tatuajes repartidos por el mundo. Es entonces cuando Seigi decide ayudar a la agente Ijii adentrándose así en una conspiración a escala mundial.

Sengoku Basara: Judge End se basará en el juego Sengoku Basara 3 (Sengoku Basara: Samurai Heroes) lanzado en 2010 y representará la épica Batalla de Sekigahara

Mil años después de los hechos sucedidos en la serie original vemos una nueva versión de la ciudad Domino ahora llamada Neo Domino City, ahora vemos a un nuevo tipo de duelos los Riding Duels que son duelos a altas velocidades sobre motos llamadas D-Wheels, pero sin dejar atras los emocionantes torneos vemos a un nuevo protagonista intentando llegar a Neo Domino City para encontrar su destino.