Segunda temporada de Sidonia no Kishi.

El Prodigio del piano, Arima Kosei dominó la competencia y todos los niños músicos sabían su nombre. Pero luego de que su madre, que a la vez era su instructora, muriera, él tuvo un colapso mental mientras tocaba en un recital que resultó en la incapacidad de poder escuchar el sonido de su piano otra vez, aun cuando no tenía problema alguno de audición. Incluso después de dos años, Kosei no ha tocado el piano y ve al mundo monótono, sin colores. Él estaba contento de vivir su vida con sus amigos Tsubaki y Watari hasta que, un día, una chica lo cambió todo. Miyazono Kaori es una linda violinista sin remordimientos cuyo estilo para tocar el violín refleja su personalidad. Kaori ayuda a Kosei a volver al mundo de la música, y le muestra que debería ser libre y romper los esquemas a diferencia del estructurado y rígido estilo al que Kosei estaba acostumbrado.

Una solitaria nave, el Sidonia, baja por el espacio después de que se viera obligado hace 10 siglos abandonar el sistema solar. Las múltiples formas, casi indestructibles, pero apenas conscientes de vida alienígena que destruyeron mundo originario de la humanidad siguen siendo una amenaza existencial para estos. La humanidad ahora sobrevive a bordo de naves espaciales creadas a partir de los restos del planeta. Para defenderse de los Gaunas han creado las unidades mecanizadas denominadas Guardians. Toda aquella persona apta para la guerra es instruida en el manejo de estos mechas. Nagate Tanikaze solo conoce el mundo encerrado en las entrañas de la nave en la que ha vivido toda su vida, un espacio donde los humanos han alcanzado reproducir la fotosíntesis y crear nuevos géneros de plantas. Como nunca había conocido a nadie, se ejercita en un antiguo simulador de pilotaje de Guardian todos los días, con el tiempo consigue dominarlo. Más tarde se verá a aventura a salir de su mundo para ser probador de un nuevo simulador con la esperanza de defender Sidonia del ataque de los Gaunas utilizando sus habilidades de combate increíbles.

La historia sigue los pasos de Hotaru Ichijou como estudiante de primaria tras mudarse con sus padres desde la gran urbe a una pequeña localidad rural del centro del país. Ahora ella tiene que adaptarse a su nueva escuela, donde hay un total de 5 estudiantes en la misma clase y cada uno de ellos con una edad y curso diferente: Natsumi de primer año medio, Komari de segundo año, Renge de primer grado y Suguru, hermano mayor de Komari, de tercer año de la escuela media.

El mundo entero esta siendo dominado por una enfermedad mortal, esto convierte a los humanos en zombies. En Japón, muchos estudiantes de la preparatoria Fujimi, y la enfermera de la escuela, estaran juntos trantando de sobrevivir al presente Apocalipsis. La historia se centra en Takashi Komuro, uno de los estudiantes que ha sobrevivido a esta grave enfermedad.

Kana Nakamichi es una estudiante que pierde sus familiares y por consecuente vive y trabaja en una oficina de entrega de periodico. La trama sigue la vida diaria de Kana en su tranquilo pero alegre ambiente.

Siete niños disfrutan de sus vacaciones de verano en un campamento, cuando de repente, se ven envueltos en un misterios mundo: El Mundo Digital. Un mundo paralelo al suyo formado a partir de datos digitales. Allí conocen a sus compañeros los digimon, y juntos tendrán que solucionar los extraños sucesos que aterran la Isla File, provocados por Devimon. Pero tal vez no sea esa el único motivo por el que aparecieron en aquél misterioso mundo, tendrán que afrontarse a más de una aventura para descubrirlo y volver a su mundo original.