Hyoma Kunato siente un gran rencor por los espíritus conocidos como tsukumogami, así que lo envían a vivir junto a Botan Nagatsuki para que ella le ayude a ver otro lado de los mismos. Aunque ambos son parte de un clan que se dedica a usar sus poderes divinos para enviar a los espíritus de vuelva a su mundo, las experiencias con esos contenedores de seres de otro mundo son muy diferentes para ambos. A Kunato le arrebataron a un ser querido, mientras que a Nagatsuki la salvaron. ¿Conseguirá ella cambiar su punto de vista?
Enemigos llamados Siren aparecieron repentinamente del mar. Para luchar contra ellos, se formó un grupo del ejército, Azur Lane. Tuvieron éxito en repeler el ataque de los Siren utilizando buques de guerra, demostrando los diferentes ideales de las personas que lo formaron. La historia trata sobre las chicas que luchan contra fuertes enemigos mientras lidian con los problemas en cada campamento.
La historia toma lugar en un mundo donde los humanos se encuentran en una guerra contra un enemigo al que llaman UNKNOWN, y se centra en unos jóvenes que, cuando los UNKOWN comenzaron su invasión, fueron criogenizados por su protección. Cuando estos despertaron, descubrieron que habían adquirido poderes sobrenaturales, y ahora se dedican a defender los últimos bastiones del país , las ciudades de Tokyo, Kanagawa, y Chiba, luchando en batallas contra los UNKNOWN, que aparecen a través de la Tokyo Bay Gate.
Shizuku Mizutani es una chica a la que no le interesa nada aparte de sus estudios y sus planes de futuro. Haru Yoshida es un chico que está siempre ausente y al que cuando un día Shizuku le toque llevarle los deberes a su casa, se creerá que ella quiere ser su amiga. Por cosas de la vida, ella descubre que él no es tan malo como le pintan en el instituto y acabará siendo más amable con él? hasta que él decide declararle su amor.