La historia comienza con Junichi “Jun” Hashiba, un estudiante de instituto no popular al que le preocupa perder su virginidad. Empujado por sus compañeros, Jun se pone de rodillas y confiesa su amor a su compañera de clase, Yukana Yame. La confesión sorprendentemente funciona y la pareja comienza a salir. Pero Jun se encuentra en tierra desconocida con Yame, una “gal” (gyaru) fashion y preocupada por las tendencias.
Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/Stay Night, donde el Santo Grial fue alejado de ciudad Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas. Dos bandos se enfrentarán la “Facción Negra”, con miembros de Yggdramillennia y la “Facción Roja", con miembros de la Asociación de Magos y un miembro de la Iglesia.
Takeshi Nanase es un estudiante de secundaria quien tiene un pasado un tanto oscuro. Debido a ciertas circunstancias, decidió empezar una relación de pareja "falsa" con su amiga de la infancia, Kurumi Isoshima. Sin embargo, un día, Takeshi se encuentra con Mui Aiba, una chica que lleva puesto un uniforme que nunca había visto antes, desplomada en el suelo de su instituto. Este encuentro cambiara el destino de Takeshi por completo, pues esta chica le cuenta a Takeshi que es una maga, y se disculpa con el, pues le ha convertido en mago también. Así pues, Takeshi descubre que no hay uno, sino dos mundos, el de los magos y el de los humanos.
La historia sigue a Saya Kisaragi como alumna de segundo curso del Instituto Privado Sanabara, donde lleva una vida normal y difruta de su diario vivir.Sin embargo,su padre le encomienda la misión como heredera del templo Ukishima de acabar con los "furukimonos"(Ancianos) usando la espada Mikami(Espada de los dioses) para preservar la paz en su instituto y proteger a la ciudad del peligro de estos seres.A lo largo de sus encuentros con estos seres, descubrirá variados secretos que hará cuestionarse lo enigmáticos que son hasta encontrar alguna verdad,pero...el destino le aguardará muchas sorpresas a Saya.
Cada 10 años se lleva acabo un ritual, una guerra entre 7 magos escogidos por una fuerza omnipotente, cuyo objetivo es invocar el "Santo Grial" y que este le conceda al vencedor un unico deseo que sera realizado sin importar lo que se pida. Para luchar los magos seran provistos de un Sirviente (Servant) que es un Espiritu Heroico (Espiritus que en vida fueron grandes Heroes) invocado unicamentre gracias al poder del Santo Grial. Shiro Emiya fue salvado de un inmenso incendio 10 años atras por un mago llamado Kiritsugi Emiya, posee muy poco talento para la magia pero se ve involucrado en la nueva guerra y su servant es invocado de manera poco convencional, confundido, decide participar de la lucha con la determiancion de detener esta locura como de lugar, su servant es abrumadora, elegante y muy noble, se enamora inevitablemente, durante las luchas el determinara el destino de esta especial mujer.