Shougo Mikadono, hijo de un magnate empresarial fallecido. Como última voluntad, el padre de Shougo le puso una condición al muchacho para heredar toda su fortuna: que encontrase pareja en el instituto. Mikadono entonces entra en un nuevo instituto con la intención de cumplir dicha condición, aunque por el camino descubre que tiene una hermana gemela de la que le separaron al nacer. Shougo no tiene ni idea de cómo es su hermana, pero resulta que la muchacha va al mismo instituto al que él se ha apuntado.

El protagonista de la serie es Kimihiro Watanuki, un estudiante de instituto que está constantemente asediado por monstruos, fantasmas y espíritus que se sienten atraídos mágicamente hacia él. Estos monstruos son invisibles para las personas sin poderes, por lo que los demás lo tachan de extraño o loco cuando es asediado por los espíritus. Todo cambia cuando entra en una tienda en la que venden deseos. La tienda pertenece a la atractiva Yūko Ichihara,una poderosa bruja del Japón actual. Ofrece a Watanuki la posibilidad de que deje de ver los fantasmas y criaturas si paga un precio de igual valor que la energía que ella requiere para realizar dicha labor. Watanuki al vivir solo, pues sus padres murieron en un accidente muchos años atrás, no tiene dinero,pero Yuko le ofrece encargarse de las labores domésticas de la tienda así como del ocasional trabajo extra, hasta haber trabajado lo suficiente para concederle su deseo.

A pesar de proceder de una familia humilde, Haruhi Fujioka estudia en el prestigioso y exclusivo instituto Ouran. Un día, mientras busca una sala donde poder estudiar con tranquilidad, rompe accidentalmente un carísimo jarrón que pertenece al misterioso y prácticamente desconocido club, es el "Host Club", un club formado por 6 chicos guapisimos que se dedican a hacer compañía a las chicas que pagan por ello. los miembros deciden que Haruhi trabajará en el club hasta que devuelva los ocho millones de yenes que valía el jarrón.

Momo es una Shinigami, una diosa de la muerte. Su trabajo es llevarse las almas de los vivos cuando éstos mueren. Es un trabajo duro ya que se tiene que enfrentar a situaciones muy duras y a historias muy complicadas donde no siempre es justo hacer lo que debe, aunque siempre intente ayudar a los demás. Daniel la culpa de ser una llorona, a lo cual ella siempre responde: Los muertos no pueden llorar, así que yo lloro por ellos. Pero es una Shinigami y su obligación es llevarse a los vivos.

Sakura es la princesa del país de Clow, reinado por su hermano Touya. Su mejor amigo es Syaoran, un joven arqueólogo. Un día, una presencia misteriosa llama a Sakura hacia unas ruinas, donde unas alas crecen en su espalda. Syaoran consigue rescatarla, pero sus alas se transforman en plumas que son esparcidas a través de distintas dimensiones. Entonces, es revelado que las alas eran la manifestación del alma y las memorias de Sakura y que sin ellas morirá. Así que Syaoran visita a Yuuko, la bruja dimensional,y junto al guerrero Kurogane y el mago Fye, consigue el poder para poder cruzar dimensiones al azar a cambio de los bienes más preciados de los tres: la espada de Kurogane, el tatuaje de Fye y los recuerdos de la relación de Sakura y Syaoran. Yuuko entonces les entrega a una pequeña criatura blanca llamada Mokona, quien les permite visitar otros mundos y así poder recuperar las plumas de Sakura.

A muchos kilómetros de profundidad, bajo la ciudad de Tokyo, existe un desconocido y vasto submundo llamado "Tokyo Subterráneo". Ahí existen personas conocidas como "Usuarios Elementales"; gente que tiene la capacidad de manipular elementos como el fuego, el agua, la electricidad, etc. Las protagonistas Chelsea Rorec y Ruri Sarasa escapan y son perseguidas por los miembros de una organización llamada "La Compañía". En la superficie se encontraran con Asagi Rumina y con Ginnosuke Isuzu, dos alumnos de preparatoria, cuyas vidas se volverán una aventura en la que no faltarán las batallas entre individuos capaces de dominar los elementos.