La serie está ambientada en un mundo en que las “Bestias” han llevado a los seres humanos a la extinción. El deber de luchar contra las Bestias está en manos de las “Hadas”, que están destinadas a usar su poder para empuñar “Espadas Sagradas” llamadas “Kariyon” y, con el tiempo, encontrar la muerte. Un único ser humano, llamado Willem, despierta después de varios cientos de años, y continúa la batalla contra las Bestias. La serie cuenta la vida diaria y las efímeras vidas del líder Willem y las hadas guerreras.

La historia está protagonizada por un estudiante de instituto que es raptado por toda una señorita rica como “muestra de la gente corriente”. Será así como entrará en un mundo lleno de chicas de la élite prácticamente aisladas del mundo real.

En Agosto del año 20XX, un portal hacia un mundo paralelo conocido como “Gate”, aparecer repentinamente en Ginza, Tokio. Tropas de monstruos salen del portal y convierten al distrito comercial en una infierno sangriento. La Fuerzas de Defensa Japonesa toman rápidamente acciones y logran devolver las criaturas al Gate. Para facilitar las negociaciones y prepararse para las futuras peleas, se envía a un equipo de reconocimiento hacia la el otro lado del portal. Youji Itami, un soldado del ejercito japones y otaku de 33 años es seleccionado como el líder de la tropa de reconocimiento, en donde la tropa no solo conocerá a los pobladores y series de este nuevo mundo, también realizaran labores humanitarias en donde Youji conocerá a una elfa, una maga y una semi-diosa. Mientras que en en el aspecto internacional, las Super-potencias buscan una oportunidad para “explorar” el nuevo mundo.

Cuando era un niño, Murakami estaba enamorado de una chica que llamó Kuroneko. Ella insistió en saber acerca de los extraterrestres y que se reunió con ellos, pero nadie le creyó, incluso el joven Murakami se mostró escéptico. Un día, ella decide mostrarle a los extraterrestres, hasta que se produce un accidente y muere mientras Kuroneko Murakami se queda gravemente herido en el hospital. Pasan los años y Murakami se obsesiona en la búsqueda de pruebas de la existencia de los extraterrestres debido a una promesa que había hecho con Kuroneko. Entonces, un día, una nueva estudiante llega a su clase, que se parece mucho a Kuroneko, pero su nombre es Kuroha Neko!