Cinco chicas conformarán la “Unidad Táctica de Sonido” Walküre, el que será el primer gran grupo exclusivamente femenino de la franquicia. El grupo Walküre luchará contra el Var Syndrome que está consumiendo la galaxia, apareciendo también el misterioso equipo de Valquirias conocido como los Caballeros Aéreos del Reino del Viento.

La historia se desarrolla en el año 2059, en la 25ª Flota De Emigracion, Macross Frontier. Macross Frontier (, Makurosu Furontia), es la continuación subsecuente de Macross 7, en el mundo de Macross. El VF-25 Messiah, es el ultimo "variable fighter" que aparece en esta serie contra el enemigo de turno que son los "Vajra".