La historia está protagonizada por Sohei Saikawa, un joven científico que trabaja en un laboratorio. Durante unas vacaciones junto a sus compañeros de trabajo, conoce a Moe Nishinosono, la hija de su mentor. La pareja descubrirá un cadáver, tras lo cual tendrán que trabajar juntos para resolver lo que luego evolucionará en un caso de asesinatos en serie.
Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)
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